结论：早退一秒钟扣款50元是否违反劳动法，需根据具体情况判断，主要取决于用人单位是否有合法有效的规章制度、员工是否同意以及扣款行为是否合理等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、不违反劳动法的情况
存在合法有效的规章制度：
- 制定程序合法：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。例如，考勤制度的制定需遵循这一程序。若用人单位有合法制定并公示的考勤制度，其中明确规定了早退的处罚标准，且该标准在合理范围内，那么按照制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。
- 内容合理：规章制度中规定的早退处罚标准（如早退一秒钟扣50元）应在合理范围内，与员工给企业造成的经济损失或影响程度相匹配，并考虑员工的工资水平。若员工月工资较高，扣除50元作为惩戒通常被认为是合理的。
- 公示与告知：用人单位应将规章制度进行公示或告知劳动者，常见的公示方式包括在公司公告栏张贴、通过内部办公系统发布、组织员工培训学习并签字确认等。若员工已知晓并同意该制度，则用人单位按制度执行扣款行为合法。
员工同意：
- 如果员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度，包括早退的处罚标准，那么用人单位按照规章制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。
二、违反劳动法的情况
无相关规章制度或未履行合法程序：
- 如果用人单位没有制定关于早退扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序，那么随意以早退为由扣员工50元工资就是违法的。
规章制度不合理：
- 即使有用人单位合法制定和公示的规章制度，但如果早退一秒钟扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力。
违反最低工资标准：
- 如果因多次早退导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
三、劳动者权益保护
如果劳动者认为用人单位的早退扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
四、具体建议
- 审查规章制度：劳动者应首先审查用人单位的规章制度，确认其是否合法有效，以及早退的处罚标准是否合理。
- 保留证据：若劳动者认为用人单位的扣款行为违法，应保留相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以便在维权时使用。
- 及时维权：一旦发现用人单位的扣款行为违法，劳动者应及时采取措施维权，避免超过时效期限。
综上所述，早退一秒钟扣款50元是否违反劳动法取决于多种因素。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。