结论：早退几秒钟扣半小时工时是否合理，需结合具体情况判断，若公司规章制度明确规定且已公示，同时该规定不违反法律法规强制性规定，则可能合理；但若规定不合理或未公示，则可能不合理。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司有权制定规章制度来管理员工的工作时间和考勤，但这些规定必须合法、合理，并且不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了早退几秒钟即扣半小时工时，并且这一规定已经向员工进行了公示或告知，那么从公司规章制度的角度来看，这一做法可能是合理的。
规章制度的合理性：
- 合理性是判断规章制度是否有效的关键因素之一。如果公司规章制度中的扣罚规定过于严苛，例如早退几秒钟就扣半小时工时，可能被视为不合理。
- 合理性通常需要考虑行业惯例、公司实际情况以及员工的具体行为等因素。如果扣罚规定与这些因素不符，可能被视为不合理，从而无效。
二、法律法规的角度
劳动法的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 劳动规章制度应当符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。如果公司规章制度中的扣罚规定违反了法律法规的强制性规定，那么这一规定是无效的。
扣罚的合法性：
- 扣罚员工工时或工资必须基于合法、合理的理由，并且不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司因为员工早退几秒钟就扣半小时工时，且这一扣罚没有合理的依据或违反了法律法规的规定，那么这一扣罚是违法的。
三、实际操作与建议
核实公司规章制度：
- 员工应当首先核实公司规章制度中是否有关于早退扣罚的具体规定，以及这些规定是否已经向员工进行了公示或告知。
与公司沟通：
- 如果员工认为公司规章制度中的扣罚规定不合理或违法，可以与公司进行沟通，表达自己的意见和诉求。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以寻求法律援助，咨询专业律师（如我）的意见，了解自己的权益和可能的维权途径。
示例说明：假设某公司规章制度中规定“员工早退超过1分钟即扣1小时工时”，但某员工仅早退了几秒钟，公司却按照规章制度扣了半小时工时。在这种情况下，员工可以首先核实公司规章制度的具体内容，然后与公司沟通表达自己的意见。如果公司坚持扣罚，员工可以寻求法律援助，咨询专业律师是否可以通过法律途径维护自己的权益。
总结与建议：早退几秒钟扣半小时工时是否合理，需结合公司规章制度和法律法规进行判断。如果公司规章制度明确规定且已公示，同时该规定不违反法律法规强制性规定，则可能合理；但若规定不合理或未公示，则可能不合理。员工在遇到此类情况时，应当核实公司规章制度、与公司沟通，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。