结论：合同中约定劳动者自动离职需扣500元的条款，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律角度
劳动合同法的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形，仅限于两种特定情况：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定了服务期；二是用人单位与劳动者在劳动合同中约定了竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，合同中约定劳动者自动离职需扣500元的条款，并不属于上述两种合法情形，故该条款违法。
工资支付的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 劳动者自动离职，并不构成用人单位扣减其工资的合法理由。除非劳动者因个人原因给用人单位造成了经济损失，且该损失与劳动者的离职行为有直接因果关系，用人单位方可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但即使如此，扣减工资的数额也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
实际操作角度
合同条款的效力：
- 即使合同中约定了劳动者自动离职需扣500元的条款，由于该条款违反了法律法规的强制性规定，因此该条款在法律上是无效的。
- 用人单位不能依据该无效条款来扣减劳动者的工资。
劳动者的权益保护：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资、违约金等关键条款。
- 如发现合同中存在违法或不合理条款，劳动者有权提出异议，并要求用人单位进行修改。
- 若用人单位坚持不修改，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
建议与提醒
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，务必保持警惕，仔细阅读合同条款，确保自己的权益不受侵害。如遇违法或不合理条款，应及时提出异议并寻求法律帮助。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，不得在劳动合同中设置违法或不合理条款。同时，应加强与劳动者的沟通与协商，共同维护和谐稳定的劳动关系。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。