自动离职被扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若自动离职未给用人单位造成损失：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但若自动离职并未给用人单位造成实际损失，用人单位无权扣发工资。
   • 举例来说，如果员工只是未提前通知即离职，但并未导致公司业务中断、客户流失或产生其他直接经济损失，那么公司扣发工资的行为可能缺乏法律依据。

2. 若自动离职给用人单位造成损失：

   • 同样依据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者自动离职确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿。但赔偿金额需从劳动者本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 举例来说，如果员工自动离职导致公司需要临时雇佣替代人员，并因此产生了额外的招聘和培训费用，这些费用在合理范围内且能证明是由员工自动离职直接导致的，公司可以从员工的工资中扣除相应部分作为赔偿。但扣除的比例和金额需严格遵守上述规定。

3. 关于劳动合同和公司规章制度：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了自动离职的处罚措施，包括扣发工资等，那么这些规定在不违反法律法规的前提下，对劳动者和用人单位均具有约束力。但若这些规定与法律法规相抵触，则以法律法规为准。
   • 举例来说，如果公司规章制度中规定“自动离职者扣发全部工资”，这一规定显然违反了《工资支付暂行规定》中关于赔偿金额限制的规定，因此是无效的。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在自动离职前应尽量与用人单位协商一致，并按照规定办理离职手续，以避免不必要的法律纠纷。
• 对于用人单位而言，应制定合法合理的规章制度，并在劳动合同中明确约定离职相关的权利和义务。在处理自动离职事件时，应依法进行，避免侵犯劳动者的合法权益。

可能后果：

• 若用人单位违法扣发工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣发的工资及可能的赔偿金。
• 若劳动者自动离职给用人单位造成损失且未依法赔偿，用人单位可以通过法律途径追究劳动者的责任。

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