若事业单位人事整改后过了几年员工才发现违规行为，员工仍可依法维权，但需注意时效、证据收集及维权途径的选择。以下从不同角度展开说明：
一、时效问题
劳动争议申请仲裁的时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受此一年时效期间的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
特殊情况下的时效延长：如果员工在人事整改后几年才发现违规行为，但能证明存在不可抗力或其他正当理由导致无法及时申请仲裁，仲裁时效可能会中止或中断，从中止时效的原因消除之日起或中断事由结束后，仲裁时效期间继续计算。
二、证据收集
关键证据：员工应尽可能收集与违规行为相关的证据，如人事整改文件、工资单、考勤记录、工作评价、同事证言等。这些证据将有助于证明违规行为的存在以及员工因此遭受的损失。
证据保存：员工应妥善保存所有相关证据，以防证据丢失或损毁。对于电子证据，如电子邮件、聊天记录等，应确保其完整性和真实性，必要时可进行公证。
三、维权途径
内部申诉：员工可首先尝试通过事业单位的内部申诉机制来解决问题。这通常包括向人事部门或上级领导反映情况，并要求进行调查和处理。
劳动仲裁：如果内部申诉无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法对争议进行审理，并作出裁决。
提起诉讼：如果员工对仲裁裁决不服，还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法对案件进行审理，并作出判决。
四、注意事项
及时行动：尽管存在时效延长的可能性，但员工仍应尽快采取行动，以免因时效问题而丧失维权机会。
专业咨询：在维权过程中，员工可寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
保持冷静：面对违规行为，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为或发表不当言论，以免对自己造成不利影响。