针对“员工违规参与营利性活动单位几年后发现怎么处理”的问题，首先需明确的是，单位在发现员工此类违规行为后，应依据相关法律法规、公司规章制度以及劳动合同中的相关条款，进行妥善处理。以下是对该问题的详细分析：

1. 确认违规事实：

   • 单位需通过合法途径收集并固定员工违规参与营利性活动的证据，确保证据的真实性、合法性和关联性。
   • 对证据进行详尽分析，以确认员工确实存在违规行为。

2. 依据法律法规处理：

   • 如员工的违规行为触犯了相关法律法规，单位应依法向有关机关报告，并配合相关调查。
   • 根据法律法规的规定，单位可能需要对员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款、降职、辞退等。

3. 按照公司规章制度处理：

   • 单位应查阅公司规章制度，明确员工违规参与营利性活动的处理规定。
   • 依据规章制度，对员工进行相应的纪律处分，如扣除奖金、停职检查、解除劳动合同等。

4. 考虑劳动合同约定：

   • 检查劳动合同中是否对员工违规参与营利性活动有特别约定。
   • 如劳动合同中有相关约定，单位可依据约定对员工进行处理。

5. 注意处理程序的合法性：

   • 单位在处理员工违规行为时，应确保处理程序的合法性，避免侵犯员工的合法权益。
   • 如需对员工进行纪律处分，应事先告知员工，并听取员工的陈述和申辩。

6. 防范类似事件再次发生：

   • 单位应加强对员工的法治教育和职业道德教育，提高员工的法律意识和职业操守。
   • 完善公司规章制度，明确禁止员工违规参与营利性活动，并加强对员工行为的监督和管理。

综上所述，单位在发现员工违规参与营利性活动后，应依据相关法律法规、公司规章制度和劳动合同中的相关条款，进行合法、合规的处理。同时，单位也应加强内部管理和教育，防范类似事件的再次发生。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。