核心结论：事业单位员工擅自离职后入职新事业单位，原单位几年后才发现的，处理方式需结合具体情况，包括原单位是否已解除劳动关系、新单位是否知情及录用程序合法性等，具体分情况说明如下：

1. 若原单位未解除劳动关系，且新单位不知情且录用程序合法：

   • 原单位处理：原单位可依据《事业单位人事管理条例》等相关规定，以员工擅自离职构成严重违反单位规章制度为由，解除与该员工的劳动关系。同时，原单位有权要求员工赔偿因擅自离职给单位造成的损失，如招聘费用、培训费用、岗位空缺期间的额外支出等。
   • 新单位处理：新单位在不知情且录用程序合法的情况下，一般无需承担直接法律责任。但新单位应配合原单位或相关部门的调查，提供必要的员工入职资料等。
   • 员工处理：员工需承担擅自离职的法律责任，包括可能被原单位追偿损失、面临原单位的纪律处分（如解除劳动关系）等。同时，员工在新单位的劳动关系可能因原单位主张权利而受到影响，如新单位可能基于原单位的要求或法律规定解除与员工的劳动关系。

2. 若原单位已解除劳动关系（无论员工是否知情），且新单位录用程序合法：

   • 原单位处理：原单位已解除劳动关系的，无需再对员工进行额外处理。但原单位应保留好解除劳动关系的证据，以备不时之需。
   • 新单位处理：新单位在录用程序合法且不知情的情况下，与员工建立的劳动关系受法律保护。新单位无需因原单位的主张而承担法律责任，但应配合相关部门的调查。
   • 员工处理：员工需确认原单位解除劳动关系的合法性。若原单位解除合法，员工在新单位的劳动关系不受影响；若原单位解除不合法，员工可依法主张权利，如要求原单位支付违法解除劳动关系的赔偿金等。

3. 若新单位知情或录用程序存在瑕疵：

   • 原单位处理：原单位可依据相关规定解除与员工的劳动关系，并要求员工赔偿损失。同时，原单位可向新单位提出交涉，要求新单位协助处理或承担相应责任。
   • 新单位处理：新单位若知情或录用程序存在瑕疵，可能面临与原单位共同承担责任的风险。新单位应积极与原单位协商解决，避免法律纠纷的扩大。
   • 员工处理：员工需承担擅自离职的法律责任，并可能因新单位的知情或录用程序瑕疵而面临更复杂的法律后果。员工应积极与原单位和新单位沟通，寻求妥善解决方案。

行动建议：

• 对于原单位：应尽快收集证据，确认员工擅自离职的事实，并依据相关规定解除劳动关系。同时，评估损失情况，决定是否向员工追偿。
• 对于新单位：应审查员工入职资料，确认录用程序合法性。如发现可能存在问题，应积极与原单位沟通，寻求妥善解决方案。
• 对于员工：应主动与原单位和新单位沟通，了解各自的主张和要求。如认为自身权益受到侵害，可依法主张权利。