结论：公司以违法公司制度为由扣绩效还让待岗，这一行为是否合理，需分情况讨论，若公司制度本身合法且员工确实违反，同时待岗安排符合法律规定，则公司行为有一定合理性；但若公司制度违法、员工未违反制度或待岗安排不合法，则公司行为不合理且可能违法。以下为详细分析：
一、公司制度合法性及员工违规情况
公司制度合法性：
- 公司制度必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。如果公司制度本身存在违法内容，如违反劳动法关于工作时间、工资支付、休息休假等规定，那么该制度无效，公司不能以此为由对员工进行处罚。
员工违规情况：
- 如果公司制度合法，且员工确实违反了公司制度，公司有权根据制度规定对员工进行相应的处罚。然而，处罚措施必须合理且合法，不能超出制度规定的范围或违反法律法规的强制性规定。
二、扣绩效的合理性
绩效与制度关联：
- 如果公司制度中明确规定了绩效与违规行为的关联，即员工违规将影响其绩效评估，那么公司在员工违规后扣减绩效可能是合理的。但前提是绩效评估标准必须明确、公正，且员工在入职时已知悉并同意。
扣减幅度与合理性：
- 扣减绩效的幅度应当合理，不能过分苛刻或超出员工违规行为所应承担的责任范围。如果扣减幅度过大，可能构成对员工的不公平对待，甚至可能违反劳动法的相关规定。
三、待岗安排的合法性
待岗条件与程序：
- 公司安排员工待岗必须符合法律法规的规定，如因生产经营困难、停工停产等原因需要安排员工待岗的，应当与员工协商一致，并签订待岗协议。待岗期间，公司应当按照法律法规的规定支付员工生活费或基本工资。
待岗期间的权益保障：
- 待岗期间，员工的合法权益应得到保障。公司不得随意降低员工的工资待遇、解除劳动合同或采取其他对员工不利的措施。如果公司未经员工同意擅自安排待岗，或者待岗期间未支付员工应得的待遇，可能构成违法行为。
四、综合判断与建议
综合判断：
- 在判断公司行为是否合理时，需要综合考虑公司制度的合法性、员工违规情况、扣绩效的合理性以及待岗安排的合法性等多个因素。如果公司行为符合法律法规的规定，且员工确实存在违规行为，那么公司行为可能具有一定合理性；但如果公司行为存在违法或不合理之处，员工有权依法维护自己的合法权益。
建议：
- 如果您认为公司行为不合理或违法，建议您先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。同时，建议您保留好相关证据，如公司制度、违规通知、绩效评估表、待岗协议等，以便在需要时提供证明。
最后，劳动纠纷涉及复杂的法律法规和实际情况，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。