结论：文件待岗但实际在岗被扣绩效是否合理，需分情况讨论，主要取决于劳动合同、公司规章制度以及实际工作情况是否合法合规。

1. 劳动合同与规章制度层面
   根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致可变更劳动合同内容（如岗位、薪资）。若公司以“待岗”为由单方面调整岗位或薪资结构，但未与劳动者协商一致，且未通过民主程序制定相关规章制度（如《绩效考核办法》），则扣减绩效缺乏合法依据。
   关键点：需审查劳动合同是否约定待岗期间的薪资标准，以及公司规章制度是否明确待岗与绩效的关联性。

2. 实际工作情况与绩效关联性
   若劳动者虽被文件通知待岗，但实际仍承担原岗位工作或公司安排的其他任务，且绩效指标与实际工作内容匹配，则公司以“待岗”为由扣减绩效可能构成不合理克扣工资。根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在法定情形（如代扣社保、赔偿损失等）。
   关键点：劳动者需保留实际在岗的证据（如工作记录、考勤、同事证言等），以证明绩效扣减与实际贡献不符。

3. 公司经营状况与待岗合法性
   若公司因经营困难依法安排待岗（如《工资支付暂行规定》第十二条规定的非劳动者原因停工停产），待岗期间第一个月应按原工资支付，之后可按不低于最低工资标准的80%支付生活费。但若公司未履行法定程序（如与工会或职工代表协商），直接以“待岗”名义扣减绩效，则属于违法行为。
   关键点：需区分“合法待岗”与“变相降薪”，前者需符合法定程序，后者可能涉及未及时足额支付劳动报酬。

建议行动：

• 劳动者可先与公司协商，要求提供待岗的合法依据及绩效扣减的明细；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资及经济补偿；
  
• 保留劳动合同、待岗通知、工作记录、工资条等证据，以支持主张。
  

如有进一步疑问或需具体分析，可直接向我咨询。