结论前置：公司因员工违反制度扣除三个月绩效奖是否合法，需根据具体情况判断，包括公司制度的合法性、合理性、劳动合同中的约定以及扣除后工资是否满足法定标准。若公司制度合法合规、内容合理且劳动合同中有明确约定，同时扣除后员工工资不低于法定标准，则扣除行为可能合法；反之，则可能构成违法。
详细分析：
公司制度的合法性与合理性：
- 合法性：公司规章制度必须依据合法程序制定，即经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。若公司制度未经民主程序制定或未向员工公示，则该制度对员工不具有约束力，依据此类制度扣除绩效奖将构成违法。
- 合理性：制度内容不得违反法律法规的强制性规定，且关于扣除绩效奖的规定应合理。例如，轻微失误即扣发全部绩效奖可能被视为不合理。若制度内容明显不合理或违法，扣除绩效奖的行为也将被认定为不合法。
劳动合同中的约定：
- 劳动合同或公司规章制度中应明确绩效奖的发放条件、考核标准以及扣减情形。若劳动合同或制度中有明确约定，且员工违反制度符合扣减条件，公司有权依据约定扣除绩效奖。
- 若劳动合同和公司规章制度中均未明确绩效奖的发放条件、扣减情形等，公司随意扣除员工绩效奖将缺乏合理依据，可能构成违法行为。
扣除后工资是否满足法定标准：
- 扣除绩效奖后，员工的工资不得低于当地最低工资标准或劳动合同约定的基本工资。若扣除后工资低于法定标准，公司将违反劳动法相关规定。
应对措施：
员工角度：
- 若认为自己被扣除绩效奖不合理，应先与公司沟通，了解扣除原因和依据。
- 沟通无果后，可保留相关证据（如公司制度、工资条、劳动合同等），通过劳动仲裁或法律途径维权。
公司角度：
- 应确保规章制度的合法性和合理性，明确劳动合同中的相关约定。
- 在扣除绩效奖前，应进行充分沟通和解释，确保员工了解扣除原因和依据，并听取员工的解释和申辩。
- 扣除绩效奖时，应确保扣除比例和方式合理，避免过分损害员工利益。
举例说明：
假设某公司制度规定，员工严重违反公司规章制度时，可扣除当月绩效奖。若员工因严重失职给公司造成重大损失，公司依据制度扣除其当月绩效奖，且扣除后工资不低于法定标准，则此行为可能合法。
反之，若公司制度未经民主程序制定，或制度中规定轻微失误即扣发全部绩效奖，且扣除后员工工资低于法定标准，则公司扣除绩效奖的行为将构成违法。
总结：
公司因员工违反制度扣除三个月绩效奖的合法性需根据具体情况综合判断。公司在制定和执行相关制度时，应严格遵守法律法规，确保员工权益得到保障。员工在面临此类问题时，也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。