公司扣除员工奖金是否合法，主要取决于公司的绩效考核制度是否合理、公平、透明，并且是否按照劳动合同或相关规章制度严格执行。以下从多个角度进行详细分析：

一、合法扣除奖金的情形

1. 基于劳动合同或规章制度的扣除

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位有义务按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效奖金的发放条件、考核标准等，公司应按照这些约定执行。员工达到约定条件时，公司不得随意扣除绩效奖金。
   • 实例说明：如公司规章制度规定，员工需完成特定业绩目标才能获得全额奖金，若员工未达标，公司根据制度扣除部分或全部奖金，这是合法的。

2. 因员工原因造成经济损失的扣除

   • 法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 实例说明：如员工因疏忽导致公司财产损失，公司可根据实际情况，在与员工协商或依据相关规定后，从其工资中扣除一定数额作为赔偿，但扣除比例和方式需合理。

3. 法定代扣代缴

   • 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》，企业作为扣缴义务人，有义务按照国家规定代扣代缴员工的个人所得税。这部分扣除是合法的，且员工有义务配合。
   • 社会保险费和住房公积金：依据相关法律法规，企业应为员工缴纳社会保险和住房公积金，其中个人承担部分由企业从员工工资中代扣代缴。这也是合法的扣除项目。

二、非法扣除奖金的情形

1. 无合理依据的克扣

   • 实例说明：公司以经营困难为由，在未与员工协商一致的情况下，单方面决定降低员工奖金发放标准或取消奖金发放，这种行为是不合法的。即使企业经营面临困境，也需要通过与员工协商等方式来解决问题，而不能擅自减少员工的劳动报酬。

2. 违反法律规定的罚款

   • 实例说明：公司对员工进行罚款必须有明确的法律依据和企业内部合法有效的规章制度支持。如果公司的罚款行为没有合法依据，或者规章制度本身违反了法律法规的规定，那么这种罚款就是非法的。例如，公司规定员工未完成工作任务就要罚款，但该任务指标设定过高，超出了员工正常的工作能力范围，这样的罚款规定就不具有合理性和合法性。

3. 未履行法定程序的扣款

   • 实例说明：在进行奖金扣除时，公司必须遵循法定的程序和方式。例如，公司在扣除员工奖金前，应当告知员工扣除的原因、金额等情况，并给予员工申辩的机会。如果公司未经这些程序就擅自扣除员工奖金，其行为是违法的。

三、员工应对措施

1. 沟通协商：员工如遇奖金被扣，首先应与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的理由和依据。

2. 法律途径：若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。必要时，可寻求专业律师的帮助，但在这里你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。

总结：公司扣除员工奖金的合法性取决于多个因素，包括是否有明确的绩效考核制度、制度是否合理公平透明、是否按照约定执行以及是否遵循了正当的考核程序。员工在面对此类问题时，应了解自身权益，通过合法途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。