公司扣除个人3个月绩效是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放条件、标准以及扣除情形，且公司扣除绩效的行为符合合同约定，那么这种扣除可能是合法的。
- 反之，如果劳动合同中没有相关规定，或者公司扣除绩效的行为与合同约定不符，那么这种扣除就可能是违法的。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果明确规定了绩效工资的扣除情形，且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么公司依据规章制度扣除绩效可能是合法的。
- 如果规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知劳动者，或者规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么公司依据这样的规章制度扣除绩效就可能是违法的。
二、法律法规的角度
《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，也应当受到保护。
- 如果公司无正当理由扣除劳动者绩效工资，可能构成拖欠工资或未足额支付劳动报酬的违法行为。
扣除绩效的合法性条件：
- 公司扣除绩效必须基于合法、合理的原因，如劳动者严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等。
- 即使存在合法扣除绩效的情形，公司也应当遵循一定的程序，如提前告知劳动者、听取劳动者意见等。
三、实际操作中的建议
核实劳动合同和规章制度：
- 劳动者应当首先核实自己的劳动合同和公司规章制度中关于绩效工资的规定，了解公司扣除绩效的依据和程序。
与公司沟通协商：
- 如果劳动者认为公司扣除绩效的行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除绩效的原因和依据，并寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中规定，劳动者因严重违反公司规章制度或给公司造成重大损失的，公司可以扣除其当月绩效工资。如果某劳动者确实存在上述情形，且公司扣除绩效的行为符合规章制度的规定和程序，那么这种扣除就是合法的。反之，如果劳动者没有违反公司规章制度或给公司造成损失，公司却无故扣除其绩效工资，那么这种扣除就是违法的。
总结来说，公司扣除个人3个月绩效是否合法，取决于劳动合同、公司规章制度以及法律法规的具体规定。如果劳动者对此有疑问或认为公司的扣除行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。