结论：公司一般不可以随意扣除合同约定好的三个月的绩效，但具体是否可以扣除还需根据合同条款、公司规章制度以及实际情况来判断。
分析角度一：合同条款的约定
合同具有法律约束力：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。因此，如果合同中明确约定了绩效的发放方式和条件，公司应当按照合同约定执行。
合同条款的明确性：如果合同中明确规定了绩效的发放时间、金额以及扣除条件等，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司应当按照合同约定支付绩效，不得随意扣除。如果公司未经员工同意，擅自扣除绩效，可能构成违约行为，员工有权要求公司支付被扣除的绩效，并可能要求公司承担违约责任。
分析角度二：公司规章制度的合法性
规章制度的制定程序：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，如果公司规章制度中规定了绩效的扣除条件，但这些规章制度未经合法程序制定或公示，那么这些规章制度可能对员工不产生法律效力。
规章制度的合理性：即使公司规章制度经过了合法程序制定并公示，但如果其中的绩效扣除条款显失公平或不合理，也可能被认定为无效条款。例如，如果公司规章制度中规定“员工在任何情况下均不得获得绩效”，这样的条款显然是不合理的，员工有权要求公司支付绩效。
分析角度三：实际情况的考量
员工是否存在过错：如果员工存在严重违反公司规章制度、失职或营私舞弊等行为，给公司造成了重大损失，那么公司可能根据合同约定或公司规章制度扣除员工的绩效。但这种情况下，公司需要提供充分的证据证明员工的过错行为以及损失的大小。
公司经营状况的变化：如果公司因经营困难等原因需要调整绩效发放政策，应当与员工进行协商并达成一致意见。未经员工同意，公司不得单方面扣除员工的绩效。
建议：
员工角度：如果公司擅自扣除了你的绩效，你可以先查看劳动合同和公司规章制度中关于绩效发放和扣除的规定。如果认为公司的行为违反了合同约定或规章制度，你可以与公司进行协商，要求公司支付被扣除的绩效。如果协商无果，你可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
公司角度：公司在制定和执行绩效发放政策时，应当确保政策合法、合理且经过合法程序制定并公示。如果需要调整绩效发放政策，应当与员工进行充分协商并达成一致意见，避免引发劳动争议。
可能后果：
如果公司擅自扣除绩效且无法提供合法依据，可能面临支付被扣除绩效、赔偿员工损失以及承担违约责任等法律后果。
如果员工因公司擅自扣除绩效而提起劳动争议仲裁或诉讼，且最终获得胜诉，公司还需要承担仲裁费用或诉讼费用等额外成本。