结论：公司不能在员工产假结束后仅以试用期不符合条件为由解除劳动合同。以下从多个角度进行分析：

一、法律对女职工孕期、产期、哺乳期的特殊保护

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在女职工处于“三期”期间，用人单位原则上不能以非过错性理由（如不能胜任工作、客观情况发生重大变化等）或经济性裁员为由解除劳动合同。试用期不符合录用条件属于过错性解除的情形，但即便如此，在女职工处于“三期”时，这一解除理由也受到严格限制。

二、试用期解除劳动合同的法定条件

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者在试用期间被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同。然而，这一条款的适用需要满足以下条件：

1. 录用条件明确：用人单位必须在招聘时或劳动合同中明确约定录用条件，且这些条件应当合理、合法，并与岗位相关。
2. 证明不符合条件：用人单位需要提供充分的证据证明劳动者在试用期间不符合录用条件，如考核不合格、技能不达标等。
3. 程序合法：用人单位在解除劳动合同前，应当依法履行告知义务，并听取劳动者的申辩。

三、结合本案情况的分析

在本案中，员工在试用期怀孕并休病假超过3个月，公司若想在其产假结束后以试用期不符合条件为由解除劳动合同，需要满足以下条件：

1. 录用条件与怀孕、病假无关：公司的录用条件不能包含与怀孕、病假等无关的内容，如“试用期不得怀孕”或“试用期病假不得超过一定天数”等，这些条件可能被视为歧视性条款，无效。
2. 证明不符合录用条件与怀孕、病假无关：公司需要证明员工在试用期间不符合录用条件的行为（如工作能力不足、违反公司规章制度等）与怀孕、病假无关。如果员工因怀孕或病假导致无法正常工作，且这一状态是暂时的，公司不能仅凭此解除劳动合同。
3. 程序合法且考虑“三期”保护：即使公司能够证明员工不符合录用条件，且这一不符合与怀孕、病假无关，公司在解除劳动合同时仍需考虑女职工在“三期”的特殊保护。在女职工产假结束后，公司若想解除劳动合同，应当谨慎评估解除的合法性和合理性，避免侵犯女职工的合法权益。

四、法律建议

1. 公司角度：公司应当完善录用条件和管理制度，确保录用条件合法、合理，并在招聘时明确告知劳动者。在试用期间，公司应当对劳动者进行客观、公正的考核，并保留相关证据。若劳动者确实不符合录用条件，公司应当依法履行解除程序，并考虑女职工在“三期”的特殊保护。
2. 员工角度：员工在试用期间应当遵守公司规章制度，努力提升工作能力。若因怀孕或病假导致无法正常工作，员工应当及时与公司沟通，并提供相关证明材料。若公司违法解除劳动合同，员工可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结：公司不能在员工产假结束后仅以试用期不符合条件为由解除劳动合同，除非公司能够证明员工不符合录用条件的行为与怀孕、病假无关，且这一解除行为不违反女职工在“三期”的特殊保护。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。