用人单位要求上交健康证并在离职时归还的做法，其合法性不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若健康证属于个人证件且非工作必需：

   • 健康证通常是个人为了证明自身健康状况而办理的证件，属于个人隐私和财产的一部分。
   • 用人单位无权要求员工上交此类个人证件作为工作条件，除非该证件是从事特定工作（如食品加工、医疗卫生等）所必需的，并且相关法律法规或行业规定明确要求员工必须持有并展示此类证件。
   • 在这种情况下，用人单位要求上交健康证可能侵犯了员工的个人隐私和财产权，员工有权拒绝并可以向相关部门投诉。

2. 若健康证是工作必需且符合法律法规要求：

   • 如果健康证是从事某项工作的法定要求，且用人单位要求上交是为了确保工作场所的安全和卫生，那么这种做法在一定程度上可能是合理的。
   • 但即便如此，用人单位也应当妥善保管员工的健康证，并在员工离职时及时归还，不得无故扣留或损坏。
   • 同时，用人单位应当明确告知员工上交健康证的目的和用途，并取得员工的同意。

3. 关于离职时归还的合法性：

   • 无论健康证是否属于工作必需，用人单位都应当在员工离职时归还其健康证（如果健康证原本属于员工个人所有）。
   • 如果用人单位无故扣留员工的健康证，员工有权要求用人单位归还，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

法律建议：

• 如果你认为用人单位的要求不合理或侵犯了你的权益，你可以先与用人单位进行沟通，明确表达你的立场和诉求。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
• 在必要时，你也可以考虑寻求法律援助或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果用人单位的行为被认定为违法，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 作为员工，你也有权要求用人单位赔偿因违法扣留健康证而给你造成的损失。

总之，用人单位要求上交健康证并在离职时归还的做法是否合法，取决于健康证是否属于工作必需以及用人单位的具体操作方式。如果你对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。