结论：在借款纠纷被驳回后重新以股权转让纠纷起诉时，违约金的计算方式并非直接沿用借款协议中的利息规定，而是需根据股权转让协议中的具体约定以及相关法律法规来确定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同相对性原则：

   • 借款协议与股权转让协议是两个独立的合同，它们各自具有独立的法律效力和约束范围。借款协议中的利息规定仅适用于借款关系本身，不能直接套用于股权转让纠纷中的违约金计算。
   • 股权转让协议中如果明确约定了违约金的计算方式（包括是否参照借款利息、具体利率或固定金额等），则应按照该协议中的约定来执行。

2. 违约金与利息的区别：

   • 违约金是合同一方因违约行为而需向另一方支付的赔偿金，其目的在于补偿因违约造成的损失。
   • 利息则是借款合同中借款人因使用贷款而需向贷款人支付的费用，其性质属于借款的成本或收益。
   • 因此，即使借款协议中规定了利息，这并不意味着在股权转让纠纷中可以直接将该利息作为违约金来计算。

3. 法律法规的适用：

   • 在处理股权转让纠纷时，应首先依据《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国民法典》中关于合同和股权转让的相关规定。
   • 如果股权转让协议中没有明确约定违约金的计算方式，或者约定不明确，那么法院可能会根据实际损失、合同履行情况、当事人过错程度等因素，参照相关法律法规和司法解释来合理确定违约金的数额。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院对于违约金的计算通常秉持审慎和合理的原则，既不会过分高于实际损失，也不会低于弥补损失的必要限度。
   • 如果借款纠纷被驳回后转为股权转让纠纷，且两者在法律关系上存在显著差异，那么法院很可能会根据股权转让纠纷的具体情况来独立判断违约金的计算方式。

建议：

• 在处理此类纠纷时，建议首先仔细审查股权转让协议中的相关条款，特别是关于违约金的约定。
• 如果协议中没有明确约定或约定不明确，应及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合理的诉讼策略。
• 在诉讼过程中，应充分准备证据材料，以证明自己的主张和损失情况，以便法院能够合理确定违约金的数额。

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