结论：机关单位员工转第三方，若员工不同意，赔偿问题需根据具体情况判断，主要包括经济补偿金和可能的违法解除赔偿金两种情况。

分析：

1. 经济补偿金情况：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同，并应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 应用场景：如果机关单位与员工就转第三方事宜进行了协商，但员工不同意，而机关单位决定解除与员工的劳动合同，并愿意按照法律规定支付经济补偿金，那么员工可以获得相应的经济补偿。

2. 违法解除赔偿金情况：

   • 法律依据：如果机关单位未经员工同意，单方面决定将员工转至第三方，并解除与员工的劳动合同，这可能构成违法解除。根据《劳动合同法》的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
   • 应用场景：在员工不同意转第三方，且机关单位未与员工协商一致就单方面解除劳动合同的情况下，员工有权要求机关单位支付违法解除赔偿金。

建议与注意事项：

• 协商优先：机关单位在决定将员工转至第三方前，应优先与员工进行协商，尽量达成一致意见，以避免不必要的法律纠纷。
• 合法合规操作：如果机关单位确实需要转第三方，且员工不同意，机关单位应确保解除劳动合同的程序合法合规，按照法律规定支付经济补偿金或赔偿金。
• 保留证据：无论是协商过程还是解除劳动合同的过程，机关单位和员工都应保留好相关证据，如协商记录、解除劳动合同通知书等，以备不时之需。
• 寻求法律帮助：如果双方就赔偿问题无法达成一致意见，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

举例说明：

假设员工在机关单位工作了5年，月工资为5000元。如果机关单位与员工协商一致解除劳动合同，并支付经济补偿金，那么员工应获得的经济补偿金为：5年×5000元/年=25000元。如果机关单位未经员工同意单方面解除劳动合同，并构成违法解除，那么员工应获得的赔偿金为：25000元×2=50000元。

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