结论：公司因订单少安排员工休息并扣全勤奖是否合理，需分情况讨论，若公司安排休息属于合理调休且未违反劳动合同或规章制度，则扣全勤奖可能合理；若公司安排休息属于强制放假且未与员工协商一致，或劳动合同、规章制度中未明确规定此种情况可扣全勤奖，则扣全勤奖不合理。
分析如下：
公司安排休息的性质：
- 合理调休：如果公司因订单减少，为了平衡生产与员工休息，合理安排员工调休，且这种调休是符合劳动合同或公司规章制度的，同时公司也按照法律规定支付了员工相应的工资（如调休期间工资、加班工资等），那么公司扣全勤奖可能有一定的合理性。但前提是，劳动合同或公司规章制度中必须明确规定了在此种情况下可以扣除全勤奖。
- 强制放假：如果公司因订单减少，未经与员工协商一致，就强制员工放假，且放假期间未按照法律规定支付员工工资，或者劳动合同、公司规章制度中未明确规定此种情况可以扣除全勤奖，那么公司扣全勤奖就是不合理的。
全勤奖的扣除依据：
- 全勤奖的扣除应当有明确的依据，这个依据通常来源于劳动合同或公司规章制度。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了，在特定情况下（如公司因订单减少安排休息）可以扣除全勤奖，那么公司扣除全勤奖就是有依据的。
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么公司扣除全勤奖就可能缺乏法律依据，员工有权对此提出异议。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果公司不合理地扣除全勤奖，员工有权向公司提出异议，要求公司补发全勤奖。如果公司拒绝补发，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 建议：对于员工而言，如果遇到公司因订单减少安排休息并扣全勤奖的情况，首先应当查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解是否有相关规定。如果没有相关规定或者规定不明确，可以与公司进行协商，要求公司补发全勤奖。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
额外提醒：
- 员工在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、休假等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
- 公司也应当制定完善的规章制度，明确各种情况下的工资、福利支付标准，避免因为规定不明确而引发劳动争议。
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