结论前置：
- 一般情况下，休年休假不应扣全勤奖，因为年休假是劳动者的法定权利，休假期间视为正常出勤，应享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括全勤奖。
- 但具体是否扣除需依据单位规章制度及劳动合同内容确定。如果单位规章制度或劳动合同中明确规定休年休假会扣除全勤奖，且该规定或约定合法有效，那么用人单位有权扣除全勤奖。
法律分析：
年休假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 在年休假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的性质与年休假的关系：
- 全勤奖是单位为激励员工工作积极性和效率而设置的奖惩制度，通常是对员工在特定周期内无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励。
- 由于年休假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年休假不应被视为影响全勤考核的因素，进而不应扣除全勤奖。
单位规章制度与劳动合同的作用：
- 单位可以依法制定规章制度，规定全勤奖金的发放条件。但这些规定必须合法有效，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果劳动合同或单位规章制度中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。然而，这种规定在合理性上可能存在争议，因为年休假是劳动者的法定权利，不应因行使该权利而受到惩罚。
特殊情况处理与建议：
- 若单位因员工休年休假而扣除全勤奖，员工应首先与单位协商沟通，要求按规定支付全勤奖。
- 协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、单位规章制度、年休假申请记录等，以证明自己的权益受到侵害。
实际操作建议：
员工角度：
- 在入职时应仔细审查劳动合同中关于全勤奖金和年休假的相关规定，确保自己了解并同意这些条款。
- 对于不明确的地方，应向单位的人力资源部门或相关负责人咨询清楚，以避免产生纠纷。
- 若单位规定存在不合理或违法之处，员工应及时提出异议并寻求法律援助。
单位角度：
- 在制定规章制度时，应充分考虑劳动者的合法权益，避免制定不合理或违法的规定。
- 若确实需要因员工休年休假而调整全勤奖金的发放条件，应确保这些规定合法有效，并明确告知劳动者。
综上所述，休年休假是否会扣全勤奖主要取决于单位的具体规定和劳动合同的约定。在一般情况下，年休假期间员工应享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括全勤奖金等福利待遇。然而，如果单位有合法有效的规定或合同约定休年休假会扣除全勤奖，则用人单位有权按照规定执行。因此，员工在请年休假前应仔细了解相关规定和约定，以避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。