休年假期间，用人单位通常不应扣发劳动者的全勤奖。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与年休假性质

根据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。在年休假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。

公司规章制度的影响

尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。不过，公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：

1. 经过合法程序制定：如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
2. 内容不违反法律法规的强制性规定：即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
3. 合理性考量：若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。

举例说明：如果公司规章制度中明确规定“休年假期间扣除全勤奖”，但这一规定并未经过民主程序讨论、公示或告知劳动者，或者该规定与《职工带薪年休假条例》等法律法规相冲突，那么这一规定就是无效的，公司不能据此扣除劳动者的全勤奖。

实际操作与建议

1. 了解公司规定：员工在入职时应仔细审查劳动合同中关于全勤奖金和年休假的相关规定，对于不明确的地方，应向公司的人力资源部门或相关负责人咨询清楚，以避免产生纠纷。
2. 沟通协商：如果公司制度错误地将休年假认定为影响全勤，从而扣除全勤奖，员工应首先与用人单位进行沟通协商，明确表达自身合法权益。
3. 法律途径维权：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。

特殊情况处理：如果劳动合同或单位规章制度中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。但即便如此，员工也有权要求公司解释该规定的合理性和合法性，并在必要时寻求法律援助。

综上所述，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤，享有与正常工作期间相同的工资待遇。因此，用人单位不得因员工休年假而扣发其全勤奖。如果遇到此类情况，员工应积极维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。