结论前置：劳动者在休带薪年休假期间，用人单位扣除其全勤奖通常是不合法的，但特殊情况下，若公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，则可能具有一定的合法性。不过，这种情况较为少见，且需严格满足特定条件。
法律分析
年休假与全勤奖的法律性质
年休假：根据《职工带薪年休假条例》，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是劳动者的法定权利。单位应保证职工享受此权利，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年休假期间，劳动者的工资待遇（包括全勤奖等）不应受到影响。
全勤奖：全勤奖是用人单位为激励员工全勤上班而设置的奖励机制，属于内部管理和薪酬分配范畴。法律法规并未对全勤奖作出强制性规定，其发放条件和标准通常由用人单位通过规章制度或劳动合同明确。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣除全勤奖，特别是在劳动者行使法定权利（如休年休假）时。
扣全勤奖的合法性判断
不合法情形：
- 若用人单位的规章制度或劳动合同中未明确规定休年休假会影响全勤奖的发放，则员工休年休假是合法行使权利，用人单位不得以此为由扣除全勤奖。因为年休假是带薪休假，员工在休假期间的工资待遇（包括全勤奖）不应受影响。
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》，用人单位未安排或未完全安排年休假的，需支付额外的工资报酬，这进一步强调了年休假期间员工应享有的工资权益。
可能合法的情形（但需谨慎）：
- 若用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了全勤奖的定义及考核条件，并且这些规定的制定经过了合法的民主程序（如职工代表大会讨论、公示等），且规定不违反法律法规的基本原则和精神（特别是不能侵犯劳动者的合法权益），则理论上用人单位可以依据这些规定扣除全勤奖。然而，这种规定必须非常明确且合理，且在实际操作中极为少见。例如，某些特殊行业或岗位可能因工作性质需要员工连续出勤，但即便如此，也不能完全剥夺劳动者休年休假的权利。
劳动者的维权途径
- 如果劳动者认为用人单位扣除全勤奖的行为不合法，首先应与用人单位进行协商沟通，要求其按照法律规定支付全勤奖。
- 协商不成时，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申诉过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的年休假是合法且符合规定的，如考勤记录、年休假申请单等。
总结与建议
综上所述，劳动者在休带薪年休假期间，其全勤奖通常不应被扣除。这是基于法律法规对劳动者带薪年休假权利的保障以及全勤奖作为工资组成部分的性质所决定的。用人单位应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。
建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于年休假和全勤奖的规定，确保自己的权益得到保障。
- 在休年休假前，最好与用人单位进行沟通确认，了解公司对于年休假和全勤奖的具体规定，以避免不必要的纠纷。
- 如果遇到用人单位无故扣除全勤奖的情况，应勇敢站出来维护自己的合法权益，通过合法途径进行维权。
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