关于休病假扣全勤奖是否合法的问题，结论前置如下：
- 若用人单位规章制度或劳动合同中有明确规定，且规定合理合法，员工知晓并同意，则休病假扣全勤奖是合法的。
- 若规章制度或劳动合同中未明确规定，或规定不合理不合法，则休病假扣全勤奖可能不合法。
详细分析如下：
一、规章制度或劳动合同中有明确规定的情况
- 规定合法性：用人单位的规章制度或劳动合同中，若明确规定了全勤奖的发放条件，包括病假是否影响全勤奖的评定，且这些规定是通过民主程序制定的，内容不违反法律法规的强制性规定，同时已向员工公示或告知，员工入职时已知晓并同意，那么这些规定是具有法律效力的。
- 具体情形：例如，某公司规定“当月无迟到、早退、旷工、请假记录者，可获得全勤奖”，员工休病假后，公司依据该规定扣发全勤奖，此行为在法律上通常被认可。因为病假意味着员工在考核周期内未能实现全勤，不符合全勤奖的发放条件。
二、规章制度或劳动合同中未明确规定的情况
- 公平合理原则：当用人单位的规章制度或劳动合同中未对全勤奖的发放条件及病假是否扣除全勤奖作出明确规定时，应秉持公平合理的原则进行处理。病假是劳动者因身体原因无法正常工作的合理情况，若因请病假而一律扣除全勤奖，可能对劳动者造成不公平。
- 建议处理方式：在此情况下，建议用人单位不扣除请病假员工的全勤奖，以体现人文关怀和劳动法的保护原则。若用人单位坚持扣除，员工有权提出异议，并通过沟通协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
三、规章制度或劳动合同中规定不合理不合法的情况
- 不合理规定：如果规章制度排除了劳动者的合法权益，如规定即使员工因患重大疾病按规定请病假也会扣除全勤奖，这种规定可能被认定为不合理地限制了劳动者依法享受病假的权利，属于无效规定。
- 不合法规定：规章制度的内容与法律法规相冲突，如违反了《劳动法》等相关法律的规定，那么这些规定也是无效的。
四、员工权益保护与实际操作建议
- 了解规章制度：劳动者应首先查阅所在单位的规章制度或劳动合同，了解关于病假和全勤奖的具体规定。
- 沟通协商：若规章制度或劳动合同中有明确规定，但员工认为规定不合理或不合法，可与用人单位沟通协商，争取公平合理的处理结果。
- 保留证据：在处理过程中，劳动者应保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等，以备不时之需。
- 投诉与仲裁：若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
休病假扣全勤奖是否合法，关键在于用人单位的规章制度或劳动合同中是否有明确规定，并且这些规定需合理合法。对于员工而言，了解并熟悉公司的规章制度至关重要；对于用人单位而言，制定合理且合法的规章制度，并确保员工知晓，是避免纠纷的关键。如有任何疑问或不满，员工可直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。