结论前置：休年假通常不应扣全勤，但具体是否扣除需依据公司规章制度及法律规定来判断。以下从多个角度为你详细分析：

法律规定与年休假性质

根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，休年假是劳动者的法定权利，在年休假期间，劳动者应享受与正常工作期间相同的工资及福利待遇，包括全勤奖等，用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖。

全勤的定义与年休假的关系

全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度，因此不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。

公司规章制度的影响

尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。例如，某公司制度明确：“全年无请假记录者享全勤奖，年假除外”，员工签署确认书后，请年假时扣发全勤奖符合约定。不过，公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：

1. 经过合法程序制定：如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
2. 内容不违反法律法规的强制性规定：即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
3. 合理性考量：若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。

特殊情况处理

若用人单位规章制度明确规定年休假不属于全勤范畴，并经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知，该规章制度对劳动者具有约束力。然而，此类规定可能存在争议，有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。在实际操作中需谨慎对待，建议用人单位在制定相关规章制度时充分考虑员工权益，避免引发纠纷。

权利救济途径

如用人单位因员工休年假而扣全勤奖，员工首先应与用人单位协商，要求其按法律规定和合理制度执行，补发全勤奖。协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：你可以先查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。如果公司规定不合理，损害了你的合法权益，你可以按照上述权利救济途径维护自己的权益。如果你还有其他疑问，可以直接向我咨询。