结论前置：按照法律规定，员工在依法休年假期间，不应被扣除全勤奖。年休假是劳动者的法定权利，休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。

法律依据与解析

1. 年休假是法定权利：

   • 根据《职工带薪年休假条例》第二条，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，休年假是员工的正常出勤，用人单位应支付全额工资，不应因休年假而扣除任何形式的劳动报酬，包括全勤奖。

2. 全勤奖的性质与目的：

   • 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。然而，年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度，因此不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。

3. 公司规章制度的影响与合法性判断：

   • 尽管公司规章制度可能对全勤有特定定义，但这些定义必须满足以下条件才具有法律效力：一是经过合法程序制定，如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者；二是内容不违反法律法规的强制性规定，即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规；三是合理性考量，若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。
   • 因此，如果公司规章制度中规定休年假扣除全勤奖，且该规定未经合法程序制定、内容违反法律法规或明显不合理，那么该规定对劳动者不具有约束力，劳动者有权拒绝执行。

实际操作建议

1. 了解公司规章制度：

   • 员工应首先查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。如果公司规定与法律规定相冲突，员工有权提出异议并要求公司改正。

2. 与公司沟通协商：

   • 如果员工发现公司因休年假而扣除全勤奖，应首先与公司沟通协商，要求公司按法律规定和合理制度执行，补发全勤奖。在沟通过程中，员工可以引用相关法律法规作为依据，增强自己的说服力。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，员工需要提供相关证据证明公司因休年假而扣除全勤奖的事实，以及公司规章制度与法律规定相冲突的情况。

总结

员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。如果员工遇到因休年假而被扣除全勤奖的情况，应首先了解公司规章制度，与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。