结论前置：
- 一般情况下，年休假不扣全勤是合法的，因为年休假是劳动者的法定权利，休年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。
- 特殊情况下，若公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，年休假扣全勤可能具有一定的合法性，但这种情况较为少见且存在争议。
法律背景与解析：
年休假的法定性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着年休假是劳动者的法定权利，休年休假等同于正常出勤。
全勤奖的性质与目的：
- 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。然而，年休假作为劳动者的法定休息休假权，并非无故缺勤，因此不应被视为违反全勤条件。
公司规章制度的影响：
- 尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。然而，公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：
- 经过合法程序制定，如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
- 内容不违反法律法规的强制性规定，即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
- 合理性考量，若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。
法律建议与可能后果：
对于劳动者：
- 如果遇到年休假被扣除全勤奖的情况，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付全勤奖。
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申诉过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的年休假是合法且符合规定的。
对于用人单位：
- 用人单位在制定规章制度时，应充分考虑员工权益，避免制定可能损害劳动者合法权益的规定。
- 如果确实需要制定关于年休假与全勤的规定，应确保该规定经过合法程序制定、内容不违反法律法规的强制性规定，并具有一定的合理性。
总结：
年休假不扣全勤在一般情况下是合法的，因为年休假是劳动者的法定权利。然而，在特殊情况下，如果用人单位有明确且合理的规章制度，并经过了民主程序制定及公示，且规定不违反法律法规的强制性规定，那么年休假扣全勤可能具有一定的合法性。但这种情况较为少见且存在争议。对于劳动者而言，遇到此类情况应首先尝试沟通协商，若协商不成则可通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。