休年休假后，员工应被认定为全勤，用人单位不应因员工休年休假而扣除其全勤奖。这一结论主要基于以下法律分析和逻辑推断：

一、法律基础

1. 《职工带薪年休假条例》：

   • 根据该条例第二条，连续工作1年以上的职工享有带薪年休假，且单位应当保证职工享受年休假。
   • 职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，这明确了年休假是员工的法定权利，且休假期间应获得全额工资。

2. 《中华人民共和国劳动法》：

   • 劳动法第五十一条规定，劳动者在法定休假日以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。年休假作为劳动者的法定假期，自然包含在内。

二、全勤的认定与年休假的关系

1. 全勤的定义：

   • 全勤通常指在一定的考勤周期内，员工按照用人单位的工作时间安排，正常出勤工作，无迟到、早退、旷工、请假等影响正常出勤的情况。

2. 年休假与全勤的逻辑关联：

   • 年休假是法律赋予劳动者的合法权益，并非员工主观上的缺勤。它与因个人原因请假、旷工等情况有本质区别。
   • 从法律规定和公平合理的角度出发，员工休年休假后应被认定为全勤，因为年休假期间员工享有与正常工作期间相同的工资待遇，且这是员工的法定权利。

三、用人单位规章制度的考量

• 实践中，部分用人单位可能在规章制度中对全勤有特定定义，如将休年休假视为非全勤情况。然而，若这些定义与法律规定相冲突，损害劳动者权益，则这些规定是无效的。
• 劳动者有权依据《劳动合同法》等相关法律法规维护自身权益，要求用人单位尊重其法定休假权利，并保障其在休假期间的合法权益。

四、法律建议

• 对于员工：若用人单位因员工休年休假而扣除其全勤奖，员工可以与用人单位进行沟通协商，要求用人单位按照法律规定支付全额工资并认定全勤。若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
• 对于用人单位：应尊重员工的法定休假权利，保障员工在休假期间的合法权益。不得以任何形式剥夺或变相剥夺员工的年休假权利，也不得因员工休年休假而影响其全勤的评定或扣除全勤奖。

综上所述，休年休假后算全勤是基于明确的法律规定和合理的逻辑推断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。