调休假、年假扣全勤通常是违法的，但具体需结合公司规章制度及实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、调休假与全勤奖的关系

调休假是员工因工作需要加班后，用人单位给予的相应休息时间。根据劳动法规定，员工在调休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入和福利待遇，这自然包括全勤奖。因此，若用人单位因员工休调休假而扣除全勤奖，这种做法是不合法的。

二、年假与全勤奖的关系

1. 年假的法定性质： 根据《职工带薪年休假条例》，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着年假是劳动者的法定权利，休年休假等同于正常出勤。

2. 全勤奖的定义与性质： 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。然而，年休假作为法律规定的带薪假期，并不属于无故缺勤的范畴。

3. 年假扣全勤的合法性分析：

   • 一般情况：在大多数情况下，用人单位因员工休年假而扣除全勤奖的做法是不合法的。因为年休假是劳动者的法定权利，且休年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入和福利待遇，包括全勤奖。
   • 特殊情况：如果用人单位有明确且合理的规章制度，该制度经过了民主程序制定并向员工公示，且规定中明确指出年休假在某些特定情况下（如未提前申请、休假时间超出规定等）不属于全勤范畴，同时这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，年休假扣全勤可能具有一定的合法性。但这种情况较为特殊，且需要满足多个条件。

三、劳动者的应对策略

1. 沟通协商： 如果遇到调休假或年假被扣除全勤奖的情况，劳动者首先应与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付全勤奖。

2. 法律途径： 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申诉过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的调休假或年休假是合法且符合规定的。

四、法律建议

1. 了解并遵守公司规章制度： 劳动者在入职时应仔细了解公司的规章制度，特别是关于调休假、年假和全勤奖的规定。如果发现公司规章制度存在违法或不合理之处，应及时向公司提出并寻求解决。

2. 保留相关证据： 劳动者在休调休假或年假期间，应保留好相关证据，如休假申请单、考勤记录等。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。

3. 及时咨询专业律师： 如果遇到复杂的劳动纠纷或不确定如何维权的情况，劳动者应及时咨询专业律师。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律咨询和维权建议。

总结：调休假、年假扣全勤在大多数情况下是不合法的。劳动者在遇到此类情况时，应首先尝试与用人单位沟通协商，若协商不成则可通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，劳动者也应了解并遵守公司规章制度，保留好相关证据，并在需要时及时咨询专业律师。