休年假扣全勤奖是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
年休假性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
全勤奖性质：
- 全勤奖是用人单位为激励员工全勤上班而设置的奖励机制，属于内部管理和薪酬分配范畴。但法律法规并未对全勤奖作出强制性规定，其发放条件和标准通常由用人单位通过规章制度或劳动合同明确。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣除全勤奖。
扣全勤奖的合法性：
- 员工休年假是行使法定权利，并非无故缺勤。因此，用人单位不应因员工休年假而扣除全勤奖。除非用人单位的规章制度或劳动合同中有明确规定且该规定合法有效，但这种规定通常也不应违背带薪年假的基本法律原则，即员工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇。
二、实际操作角度
用人单位规章制度：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了年休假不属于全勤范畴，并经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知，该规章制度对劳动者具有约束力。但即便如此，此类规定也可能存在争议，有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。因此，用人单位在制定相关规章制度时应充分考虑员工权益，避免引发纠纷。
劳动者维权途径：
- 如果用人单位因员工休年假而扣全勤奖，员工首先应与用人单位协商，要求其按法律规定和合理制度执行，补发全勤奖。
- 协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
三、建议与总结
对用人单位的建议：
- 用人单位应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。在制定规章制度时，应充分考虑员工权益，避免制定可能引发纠纷的规定。
对劳动者的建议：
- 劳动者在休年假前，应了解自己的权益和用人单位的相关规定。如果遇到因休年假而被扣除全勤奖的情况，应依法维权，通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径保护自己的合法权益。
总结：员工在休年假期间应享受与正常工作期间相同的待遇和福利，包括全勤奖等奖励制度。用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。如有任何疑问或遇到纠纷，欢迎直接向我咨询。