公司自行放假扣全勤奖是否合法，需根据具体情况及法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
放假原因归责于公司：
- 若公司因自身原因（如经营调整、设备检修、订单减少进行设备升级改造等）安排员工放假，导致员工未能出勤，此时扣除全勤奖是不合法的。因为全勤奖旨在激励员工在正常工作时间内保持出勤，而公司安排的放假并非员工个人缺勤行为。例如，公司因场地装修安排员工放假，却以员工未出勤为由扣除全勤奖，这侵犯了员工的合法权益。
违反劳动合同或规章制度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定，在公司安排放假的情况下不影响全勤奖的发放，公司擅自扣除则违反了合同约定或规章制度，属于不合法行为。比如，劳动合同中写明“因公司原因安排员工放假的，不影响员工当月全勤奖的获得”，公司在因业务调整安排员工放假后扣除全勤奖，即违背了合同约定。
二、合法的情况
- 公司规定合理且公示：
- 若公司的规章制度中明确规定了全勤奖的评定标准，包括不得有任何缺勤情况（无论原因），并且该规章制度是通过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），已向员工进行了公示或告知，那么公司扣除全勤奖可能会被认定为合法。但需注意，此类规定在实践中可能存在争议，因其可能不合理地加重了员工的负担。公司需证明规章制度的合理性和合法性，以得到法律支持。例如，对于业务性质特殊、对员工出勤连贯性要求极高的公司，即使公司安排放假也会对整体业务产生较大影响。若公司在制定规章制度时充分考虑了员工权益并进行了公示，这种情况下扣除全勤奖可能具有一定的合理性。
三、员工维权途径
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法，首先应与公司进行沟通协商，要求补发全勤奖。在协商过程中，员工可以明确指出公司放假的原因并非个人缺勤，或者引用劳动合同、规章制度中的相关条款来支持自己的主张。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工需要提供相关证据，如公司放假的通知、劳动合同、规章制度等，以证明公司扣除全勤奖的行为不合法。
四、总结与建议
综上所述，公司自行放假扣全勤奖的合法性取决于公司的具体做法是否符合法律规定和合同约定。公司在制定相关规章制度时，应确保内容的合理性和合法性，并充分保障员工的知情权。员工在面临权益受损时，也应积极通过合法途径维护自己的权益。
建议：员工在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于请假、全勤奖等方面的规定。如果对公司扣全勤奖的行为有疑问或不满，应及时与公司进行沟通协商，要求公司说明扣奖依据。若公司扣全勤奖的行为确实存在违法或不合理之处，员工应果断采取法律手段维护自己的合法权益。
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