结论前置：针对您提出的“工伤建议休息三个月但是老板只批两个月”的问题，这主要涉及到工伤认定后的停工留薪期确定及劳动者权益保护的问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议：
停工留薪期的确定：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
- 实际操作：停工留薪期的具体时长通常由治疗工伤的医疗机构出具书面证明，并由用人单位根据该证明进行确认。如果医疗机构建议休息三个月，而老板只批准两个月，这可能与医疗机构的建议不符。
劳动者权益保护：
- 沟通协商：首先，您可以尝试与老板进行沟通，说明医疗机构建议的休息时长，并请求老板按照医疗机构的建议批准停工留薪期。
- 申请劳动能力鉴定：如果沟通无果，您可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定，以确认您的停工留薪期。劳动能力鉴定委员会会根据您的伤情和医疗机构的建议，给出合理的停工留薪期。
- 投诉举报：如果老板仍然拒绝按照劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期执行，您可以向当地的劳动保障监察部门投诉举报，要求老板依法支付停工留薪期间的工资福利待遇。
- 法律途径：在必要时，您还可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
注意事项：
- 保留证据：在整个过程中，您需要保留好医疗机构出具的诊断证明、建议休息时长等证据，以便在需要时证明自己的权益。
- 及时行动：一旦发现老板未按照医疗机构建议或劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期执行，您应及时采取行动，避免自己的权益受到进一步损害。
进一步思考：在处理此类问题时，除了关注停工留薪期的时长外，您还可以考虑与老板协商调整工作岗位或工作内容，以便在身体条件允许的情况下继续工作，同时保障自己的合法权益。此外，了解并熟悉相关的法律法规和政策也是非常重要的，这有助于您更好地维护自己的权益。
最后建议：如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我将为您提供专业的法律建议和帮助。