结论：床位使用率低医院扣除医生绩效是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析，包括医院规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规等。
分析角度一：医院规章制度与劳动合同约定
规章制度合法性：医院作为用人单位，有权根据自身经营状况和管理需要制定规章制度，包括绩效考核制度。但这些制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，才能作为管理员工的依据。如果医院规章制度中明确规定了床位使用率与医生绩效挂钩，并且该制度合法有效，那么医院在符合规定的情况下扣除医生绩效可能是合法的。
劳动合同约定：医生与医院签订的劳动合同中，如果明确约定了绩效考核标准，包括床位使用率作为考核指标之一，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么医院根据劳动合同约定扣除医生绩效也是合法的。
分析角度二：相关法律法规
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果医院扣除医生绩效的行为违反了劳动合同约定或国家规定，那么该行为就是违法的。
绩效考核合理性：即使医院规章制度或劳动合同中规定了床位使用率与医生绩效挂钩，但这一规定也必须合理。如果床位使用率低并非医生个人原因造成，而是由于医院管理、设备、患者来源等多种因素导致，那么将床位使用率作为唯一或主要考核指标，并据此扣除医生绩效，可能被视为不合理，从而构成违法。
建议与后果：
建议：如果医生认为医院扣除绩效的行为不合法或不合理，可以先与医院进行沟通协商，了解扣除绩效的具体原因和依据。如果沟通无果，医生可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：如果医院扣除医生绩效的行为被认定为违法或不合理，医院可能需要补发被扣除的绩效工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。同时，这种行为也可能影响医院的声誉和医生的工作积极性，对医院的长期发展不利。
总结：床位使用率低医院扣除医生绩效是否合法，需根据医院规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规进行综合判断。如果医生对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。