住院期间的工资和绩效都被扣除是否合法，这主要取决于单位是否按照法律法规的规定支付了病假工资以及绩效的考核与支付规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定医疗期内的工资支付
法律依据与支付义务：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作接受医疗的，根据工作年限可享受3个月至24个月的医疗期。在此期间，用人单位有义务支付病假工资。
病假工资支付标准：
- 病假工资或疾病救济费应不低于当地最低工资标准的80%。同时，病假工资的支付标准可以在标准工资的60%至100%之间确定，具体比例根据员工工龄的不同而有所差异。例如，工龄不满2年的员工，其病假工资可能为本人工资的60%；已满一定年限（如4年）的员工，则可能享受到更高比例的病假工资。
- 若单位在法定医疗期内扣除了您的工资，且扣除后的工资低于上述标准，那么这种扣除行为是不合法的。
绩效工资的支付：
- 绩效工资通常与员工的工作表现、业绩等挂钩。在住院期间，由于员工无法正常工作，其绩效表现自然会受到影响。但是否扣除绩效工资，需依据单位规章制度和劳动合同中的具体规定。
- 如果单位规章制度或劳动合同中明确规定，住院期间不支付绩效工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位扣除绩效工资可能是合法的。但单位应确保该规定的制定过程合法，且已向员工进行了充分告知。
二、超出法定医疗期的工资处理
单位规章与劳动合同的约定：
- 若员工住院时间超出了法定医疗期，单位可以依据自身的规章制度和与员工签订的劳动合同来处理工资问题。例如，有的单位可能规定超出医疗期后按事假处理，事假期间不支付工资（包括绩效工资）。
- 但这一约定必须明确、合法，且不违反法律法规的强制性规定。如果单位随意设定扣工资标准，或者扣除比例过高且无合理解释，那么这种扣减行为就是不合理的。
特殊情况延长医疗期：
- 对于患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的员工，经劳动鉴定委员会确认后，其医疗期可以适当延长。在延长的医疗期内，单位同样不能随意扣减员工的工资（包括绩效工资）。
三、单位扣减工资的合法性判断与员工权益保护
合法性与合理性判断：
- 单位在制定病假工资和绩效工资扣减标准时，必须确保该标准既合法又合理。即扣减标准应基于法律法规的规定，并考虑到员工的实际情况和单位的经营状况。
员工权益保护：
- 如果您遇到不合理的病假扣工资或绩效工资情况，首先应与单位进行协商解决。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身权益。
- 在维权过程中，您应收集相关证据，如医疗证明、工资单、单位规章制度、劳动合同等，以证明单位的扣减行为是不合法的。
总结与建议：
- 住院期间工资被扣除是否合法，关键在于单位是否依法制定了病假工资扣减标准并严格执行。对于绩效工资的扣除，则需依据单位规章制度和劳动合同中的具体规定。
- 建议您首先查阅单位规章制度和劳动合同中关于病假工资和绩效工资支付的规定，了解自己的合法权益。
- 如果发现单位的扣减行为不合法或不合理，应及时与单位协商解决；协商不成时，可寻求法律援助或通过法律途径维护自己的权益。
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