医院扣除基本工资是否合法，需根据具体情况判断。关键在于扣减行为是否有明确的合法依据、是否合理、是否符合劳动合同约定，以及是否遵守了相关法律法规。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合法的扣基本工资情形：

   • 依据规章制度且制度合法合理：医院制定的规章制度中应明确基本工资的扣减情形，且该制度需通过民主程序制定，不违反法律法规的强制性规定，并已履行告知义务。
   • 因劳动者过错扣减：如职工严重违反医院纪律或工作失误给医院带来经济损失，医院可按规定扣减基本工资。
   • 符合劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了基本工资的发放条件及扣减情况，且医院的扣减行为符合合同约定，则扣基本工资合法。
   • 遵循合理程序：医院在扣减基本工资前，应提前告知员工扣减原因和依据，并给予员工申诉和解释的机会。

2. 不合法的扣基本工资情形：

   • 无合法依据扣减：医院若无明确规章制度或合同约定作为依据，随意扣减职工基本工资，则为不合法。
   • 扣减数额不合理：即使职工存在过错，但扣减数额过高，超出合理范围，也可能被认定为不合法。
   • 违反法律法规：医院扣基本工资的行为若违反了《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，则为不合法。

3. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

4. 法律建议：

   • 对于医院而言，应完善规章制度，确保扣减基本工资有明确的依据，并遵守相关法律法规。
   • 对于劳动者而言，若认为自身权益受到侵害，可依法主张权利，通过申诉、调解、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。

综上所述，医院扣除基本工资的合法性需根据具体情况判断。建议医院和劳动者在涉及工资扣减问题时，均应遵循法律法规和劳动合同约定，确保双方权益得到保障。如有具体疑问或争议，可及时向我咨询。