生病住院期间，公司扣工资是否合法，主要取决于公司是否按照法律法规的规定支付了病假工资，以及是否超出了法定医疗期或存在特殊情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定医疗期内的工资支付
法律依据：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业员工因患病或非因工负伤需要停止工作接受医疗的，根据工作年限可享受3个月至24个月的医疗期。在此期间，用人单位有义务支付病假工资。
- 依据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，病假工资或疾病救济费应不低于当地最低工资标准的80%。同时，《劳动合同法》及相关劳动法规也规定，病假工资的支付标准可以在标准工资的60%至100%之间确定，具体比例根据员工工龄的不同而有所差异。
支付标准示例：
- 假设当地月最低工资标准为2000元，则病假工资每月不得低于1600元（即2000元的80%）。
- 若员工工龄不满2年，其病假工资可能为本人工资的60%；已满一定年限（如4年）的员工，则可能享受到更高比例的病假工资，如70%或80%。
二、超出法定医疗期的工资处理
单位规章与劳动合同：
- 若员工生病住院时间超出了法定医疗期，单位可以依据自身的规章制度和与员工签订的劳动合同来处理工资问题。例如，有的单位可能规定超出医疗期后按事假处理，事假期间不支付工资。但这必须在劳动合同或规章制度中有明确约定，并且不违反法律法规的规定。
特殊情况延长医疗期：
- 对于患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的员工，经劳动鉴定委员会确认后，其医疗期可以适当延长。在延长的医疗期内，单位同样不能随意扣减员工的工资。
三、单位扣减工资的合法性判断
合法性与合理性：
- 单位在制定病假工资扣减标准时，必须确保该标准既合法又合理。即扣减标准应基于法律法规的规定，并考虑到员工的实际情况和单位的经营状况。如果单位随意设定扣工资标准，或者扣除比例过高且无合理解释，那么这种扣减行为就是不合理的。
员工权益保护：
- 员工如遇到不合理的病假扣工资情况，首先应与单位进行协商解决。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身权益。具体操作包括收集相关证据（如医疗证明、工资单等）、向有关部门反映情况等。
四、实际操作建议
了解自身权益：
- 员工应了解自己的合法权益，包括法定医疗期的长度、病假工资的支付标准等。
与单位沟通：
- 在生病住院前或住院期间，与单位的人力资源部门或上级沟通，了解单位对病假工资的具体规定。
保留证据：
寻求法律帮助：
- 如遇到单位违法扣发工资的情况，及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。
总结来说，生病住院期间公司扣工资是否合法，关键在于公司是否依法制定了病假工资扣减标准并严格执行。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的法律措施来维护自己的利益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。