结论前置：员工生病期间，用人单位不能随意扣除工资，而应按照规定支付病假工资或疾病救济费。具体是否合法扣工资，需根据员工是否处于法定医疗期、是否提供了医疗证明以及用人单位的规章制度等因素综合判断。
一、法定医疗期内
医疗期定义与长度：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，将根据实际参加工作年限和在本单位工作年限给予三个月到二十四个月的医疗期。
病假工资支付标准：
- 在法定医疗期内，用人单位应支付病假工资或疾病救济费。具体支付标准依据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，即病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则病假工资每月不得低于1600元。
- 同时，也有观点认为，用人单位应当按照不低于本人标准工资的60%支付疾病津贴，但这一标准可能因地方政策或企业规定而有所提高。在实际操作中，应遵循就高不就低的原则，确保员工权益得到充分保障。
二、超过法定医疗期
不能从事原工作及另行安排的工作：
- 若员工超过法定医疗期仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同，但需按《劳动合同法》规定支付经济补偿。在此情况下，若员工未提供劳动，用人单位可不支付工资。
能从事工作：
- 若员工超过法定医疗期后能从事用人单位安排的工作，则应按照正常工资支付标准支付工资，不得克扣。
三、特殊情况：工伤医疗期
- 对于因工负伤的员工，根据《工伤保险条例》，在停工留薪期内（一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长至24个月），原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。在此期间，用人单位扣工资是违法的。
四、用人单位扣减工资的合法性判断
合法性与合理性：
- 用人单位在制定病假工资扣减标准时，必须确保该标准既合法又合理。即扣减标准应基于法律法规的规定，并考虑到员工的实际情况和单位的经营状况。如果用人单位随意设定扣工资标准，或者扣除比例过高且无合理解释，那么这种扣减行为就是不合理的。
员工权益保护：
- 员工如遇到不合理的病假扣工资情况，首先应与用人单位进行协商解决。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身权益。具体操作包括收集相关证据（如医疗证明、工资单等）、向有关部门反映情况等。
五、实际案例与建议
- 案例：假设某员工因生病需要停止工作医疗，医疗期为6个月。在这6个月内，用人单位应按照不低于当地最低工资标准80%的标准支付病假工资。若当地最低工资标准为2000元，则该员工每月应至少获得1600元的病假工资。
- 建议：员工在生病期间，应保留好相关的医疗证明，并按照公司规定或双方约定提前通知用人单位。若遇到用人单位不合理扣工资的情况，应积极维护自己的合法权益，通过协商、投诉或劳动仲裁等方式解决。
综上所述，员工生病期间用人单位扣工资是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的法律措施来维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。