员工病假期间公司扣工资是否合法，需根据具体情况综合判断，主要取决于是否符合相关法律法规、劳动合同约定以及企业内部规章制度的规定。以下是对此问题的详细分析：
符合法定标准的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
- 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资标准为每月2000元，则企业支付给请病假员工的工资应不低于1600元。
- 若企业按照这一标准扣减病假职工的工资，则是合法的。
企业内部规章制度的情况：
- 若单位依法制定的规章制度中明确规定了请病假的扣薪标准，且该标准不低于当地最低工资标准的一定比例（通常为80%），同时规章制度的制定需经过民主程序并向劳动者公示。
- 在这种情况下，企业按照规章制度扣减病假工资也是合法的。但企业不得随意克扣员工病假工资，必须有合理的规章制度作为支撑。
劳动合同或集体合同约定的情况：
- 如果劳动合同或集体合同中有关于病假工资的明确约定，且约定标准高于法定标准或企业内部规章制度标准，企业应当按照约定执行。
- 此时的扣减行为（实际是按照约定支付，而非扣减）也是合法的。
不合法扣减的情况：
- 低于法定标准：如果企业扣减病假职工的工资低于当地最低工资标准的80%，则这种行为是不合法的。
- 无规章制度或未公示：如果单位没有相关规章制度，或者规章制度的制定未经过民主程序且未向劳动者公示，就随意扣发病假工资，这也是违法的。
- 违反劳动合同或集体合同：如果企业违反劳动合同或集体合同中关于病假工资的明确约定，扣减病假工资，则同样是不合法的。
- 无故克扣工资：如果员工请病假期间，公司未按照法律法规或劳动合同约定支付工资，而是无故克扣员工应得的工资（如全勤奖、按事假标准扣工资等），这种行为也是不合法的。
应对措施与建议：
- 劳动者在认为用人单位扣病假工资行为违法时，首先应与用人单位协商沟通，要求其按照规定支付工资。
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某地最低工资标准为每月2000元，员工小李因病请假一个月，其病假工资应不低于1600元。如果公司按照这一标准支付了病假工资，那么公司的行为是合法的。但如果公司只支付了1000元，或者没有支付任何工资，那么公司的行为就是不合法的，小李有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总之，员工病假期间公司扣工资是否合法，需综合考虑多种因素。作为劳动者，应了解自己的权益和义务，并在遇到问题时依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。