临床科室医生因收病人数不达标被科主任扣除绩效是否合法，需分情况讨论：

1. 若医院规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 合法情形：如果医院的规章制度或医生与医院签订的劳动合同中明确规定了收病人数作为绩效考核的一部分，并且规定了未达标时的绩效扣除标准，那么科主任按照这些规定扣除绩效是合法的。这是因为双方已经就绩效考核的标准和方式达成了合意，医生应当遵守。
   • 建议：医生在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于绩效考核的部分，确保自己了解并同意其中的规定。如果对合同条款有疑问，应及时向医院人事部门或法律顾问咨询。

2. 若医院规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 不合法情形：如果医院的规章制度或劳动合同中没有明确规定收病人数作为绩效考核的标准，或者没有规定未达标时的绩效扣除方式，那么科主任单方面扣除绩效可能缺乏合法依据。在这种情况下，医生有权要求医院说明扣除绩效的理由，并可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。
   • 建议：医生在遇到此类情况时，应首先与科主任或医院人事部门沟通，了解扣除绩效的具体原因和依据。如果沟通无果，医生可以向医院内部的劳动争议调解委员会申请调解，或者向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

3. 从劳动法角度分析：

   • 绩效扣除的合理性：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位单方面扣除劳动者的绩效工资，且没有合理的依据和程序，那么这种行为可能构成违法。
   • 建议：医生在认为自己的绩效被不合法扣除时，可以收集相关证据（如劳动合同、规章制度、工资条等），并向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁。

4. 从医院管理角度分析：

   • 绩效考核的目的：医院设置绩效考核的目的是为了激励医生提高工作效率和服务质量，从而提升医院的整体运营水平。然而，绩效考核的标准和方式应当合理、公正、透明，并且应当得到医生的认可和遵守。
   • 建议：医院在制定绩效考核制度时，应当充分听取医生的意见和建议，确保制度的合理性和可行性。同时，医院应当加强对科主任的管理和培训，避免出现滥用职权或不当扣除绩效的情况。

总结与建议：临床科室医生因收病人数不达标被科主任扣除绩效是否合法，取决于医院的规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。医生在遇到此类情况时，应首先了解自己的权益和义务，然后与医院进行沟通协商。如果协商无果，医生可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。