结论：用人单位周末请假一天扣两天工资的做法，一般是不合理的，但具体是否合法需结合用人单位的规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从法律法规角度
《劳动法》相关规定：
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 若用人单位因劳动者请假而扣减工资，应确保扣减的合理性，即扣减的工资应与劳动者未提供劳动的部分相对应，且不得违反法律法规的强制性规定。
请假与工资扣减的关系：
- 劳动者请假，用人单位有权根据规章制度扣减相应天数的工资，但扣减的天数应与劳动者实际未提供劳动的天数一致。
- 若用人单位规定请假一天扣两天工资，这种规定可能违反了《劳动法》中关于工资支付的原则，即工资应与劳动者提供的劳动相对应。
二、从规章制度角度
规章制度的合法性：
- 用人单位的规章制度应经过民主程序制定，且内容不得违反法律法规的强制性规定。
- 若用人单位的规章制度中明确规定了请假一天扣两天工资，且该规定未经过民主程序制定或违反了法律法规的强制性规定，则该规定可能无效。
规章制度的合理性：
- 即使规章制度的制定程序合法，其内容也应具有合理性。请假一天扣两天工资的规定，在大多数情况下可能被视为不合理，因为它超出了劳动者实际未提供劳动的范围。
三、从劳动合同角度
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 若劳动合同中明确约定了请假与工资扣减的关系，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则双方应按照劳动合同的约定执行。但即便如此，若约定显失公平，劳动者仍有权提出异议。
劳动合同的变更：
- 若用人单位想要变更劳动合同中关于请假与工资扣减的约定，应与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。
四、建议与行动
与用人单位沟通：
- 若您认为用人单位的规定不合理，可以首先与用人单位进行沟通，表达您的异议和诉求。
申请劳动仲裁：
- 若沟通无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付被不合理扣减的工资。
寻求法律援助：
- 在申请劳动仲裁过程中，若您需要法律帮助，可以向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结：用人单位周末请假一天扣两天工资的做法，在大多数情况下是不合理的，且可能违反了相关法律法规和规章制度。若您遇到此类情况，建议首先与用人单位沟通，若沟通无果，可以申请劳动仲裁或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。