结论：员工事假一天扣两天休息的做法，在大多数情况下是不合理的，且可能违反相关法律法规。
一、从法律法规角度分析
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，包括法定节假日、年休假、病假等。事假是员工因个人事务需要请假的情况，其性质与病假、年休假等有所不同。法律并未明确规定事假期间工资的扣除方式，但强调了工资支付应当遵循公平、合理的原则。
工资扣除的合理性：
- 通常情况下，事假期间工资的扣除应当与员工实际未提供劳动的时间相对应。即，员工请事假一天，原则上应扣除当天的工资，而不应额外扣除其他休息日的工资。
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了事假期间工资的扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么该规定可能具有法律效力。但即便如此，扣除两天休息日的工资也显得过于严苛，可能不符合公平、合理的原则。
违法后果：
- 如果公司未经员工同意，擅自扣除员工两天休息日的工资，可能构成违法扣除工资的行为。员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发被扣除的工资，并可能面临相应的法律责任。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度的合法性：
- 公司的规章制度应当符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。如果规章制度中规定了事假一天扣两天休息的做法，且该规定未经员工同意或未经过民主程序制定，那么该规定可能无效。
规章制度的合理性：
- 即便规章制度中规定了事假期间工资的扣除方式，公司也应当考虑该规定的合理性。扣除两天休息日的工资可能对员工造成过大的经济负担，影响员工的生活和工作积极性。
三、建议与措施
与公司协商：
- 如果员工认为公司扣除两天休息日的工资不合理，可以与公司进行协商，要求公司按照实际未提供劳动的时间扣除工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为，并补发被扣除的工资。
寻求法律援助：
- 在必要情况下，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
总结：员工事假一天扣两天休息的做法在大多数情况下是不合理的，且可能违反相关法律法规。如果员工遇到此类情况，建议与公司协商、向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。