公司请一天假扣两天工资的做法通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

从这条规定可以看出，公司扣除工资需要有合理的理由，比如劳动者给公司造成了经济损失，并且扣除的金额也有限制。而仅仅因为劳动者请一天假就扣除两天工资，这并不符合上述规定中关于扣除工资的合理情形和限制条件，所以从法律层面来说，这种做法是不合法的。

劳动合同和公司规章制度角度

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中有明确约定请假的工资扣除标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照合同约定执行。但请一天假扣两天工资的约定，很可能因违反法律法规而无效。因为法律法规对工资扣除有明确的限制和要求，公司不能通过合同约定来规避这些义务。
2. 公司规章制度：公司规章制度中关于请假工资扣除的规定，也需要经过民主程序制定，并且不违反法律法规的强制性规定。如果公司规章制度中规定了请一天假扣两天工资，且该制度没有经过民主程序制定或者违反了法律法规，那么该制度对劳动者不具有约束力，公司不能依据该制度扣除劳动者两天的工资。

实际操作建议

1. 与公司协商：如果你遇到了公司请一天假扣两天工资的情况，首先可以尝试与公司进行协商，说明这种做法的不合理性，并要求公司按照法律法规和劳动合同的约定支付工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设你的月工资是5000元，当地月最低工资标准是2000元。如果你请了一天假，公司按照请一天假扣两天工资的做法，要扣除你1000元（假设一天工资为500元，两天则为1000元）。但根据《工资支付暂行规定》，即使你给公司造成了经济损失，每月扣除的部分也不得超过你当月工资的20%，即1000元（5000元的20%），且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准2000元。而在这个例子中，扣除1000元后，你的剩余工资是4000元，虽然不低于最低工资标准，但公司扣除工资的理由并不合法（仅因请假而扣），所以这种做法仍然是不被允许的。

综上所述，公司请一天假扣两天工资的做法通常是不合法的。如果你遇到了这种情况，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。