结论：请假超过一天扣2000元工资是否合理，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种扣款方式可能不合理且违法。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同和公司规章制度的角度

• 劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了请假超过一定天数将扣除高额工资，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么从合同约定的角度来看，公司可能有权按照约定执行。但这种约定必须合理且合法，不能违反劳动法的基本原则。
• 公司规章制度：公司规章制度中也可能对请假和扣款有具体规定。然而，规章制度必须经过民主程序制定，且内容合法、合理，才能作为处理劳动争议的依据。如果规章制度中的扣款条款过于苛刻或违法，那么该条款可能无效。

2. 从劳动法的角度

• 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司因员工请假而扣除工资，必须基于合法、合理的理由，且扣除的金额不得超过法定标准。
• 扣款限制：即使员工请假，公司扣除的工资也不得超过其当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。因此，如果请假超过一天就扣除2000元工资，很可能违反了这一规定。

3. 从实际操作和合理性的角度

• 请假性质：请假可能是事假、病假、年假等不同类型。对于不同类型的请假，公司的处理方式也可能不同。例如，病假通常享有工资支付保障，而事假则可能无工资或按一定比例支付。但无论如何，扣除的金额都应当合理。
• 扣款比例：请假一天就扣除2000元工资，相当于扣除了员工多日的工资（假设员工日工资远低于2000元），这种扣款比例显然过高，不符合合理性的要求。

4. 法律建议

• 与公司协商：如果员工认为公司的扣款方式不合理，可以首先与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
• 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 保留证据：在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如劳动合同、公司规章制度、请假记录、工资条等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。

示例说明：假设员工月工资为5000元，日工资约为227元（5000元/22天，假设每月工作22天）。如果请假一天，公司扣除2000元工资，那么扣除的金额远超过了员工当日的工资，也超过了当月工资的20%（即1000元），显然不合理且违法。

总结：请假超过一天扣2000元工资，在大多数情况下是不合理且违法的。员工在遇到此类情况时，应积极与公司协商或寻求法律援助，维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。