结论前置：工资1000元，请假一天扣一百元是否合法，取决于具体的工资计算方式、劳动合同约定以及公司的规章制度，不能一概而论。

分析说明：

1. 工资计算方式：

   • 如果员工的工资是按月计算的固定工资，且劳动合同或公司规章制度中明确规定了请假扣款的计算方式（如按天扣款），那么扣款金额应严格按照约定执行。若约定请假一天扣一百元，且该扣款方式不违反法律法规，则此扣款是合法的。
   • 如果员工的工资中包含了加班费、奖金等其他组成部分，且这些部分并非固定不变，那么在计算扣款时，应仅针对固定工资部分进行扣款，而不能将加班费、奖金等也纳入扣款范围。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是员工与公司之间关于劳动报酬、工作时间、休息休假等事项的约定。如果劳动合同中明确规定了请假扣款的计算方式和标准，且该约定不违反法律法规，那么公司按照约定进行扣款是合法的。

3. 公司规章制度：

   • 公司规章制度是公司为了规范员工行为、维护公司秩序而制定的内部规定。如果公司规章制度中明确规定了请假扣款的计算方式和标准，且该规定已经过员工同意或公示，那么公司按照规章制度进行扣款也是合法的。

4. 法律法规限制：

   • 根据《劳动法》和相关规定，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司在扣款时，必须确保扣款行为有合法的依据，且扣款金额不得超出法律法规规定的范围。

总结与建议：

• 在判断请假扣款是否合法时，应综合考虑工资计算方式、劳动合同约定以及公司规章制度等多个因素。
• 如果员工对扣款行为有异议，可以先查看劳动合同和公司规章制度中的相关规定，确认扣款行为是否有合法的依据。
• 如果扣款行为确实存在违法或不当之处，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误；如果公司拒不纠正，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

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