结论：劳动合同中约定“干不满三年赔违约金3000元”是否合理，需分情况讨论，并非所有情况下该约定都合法有效。以下从不同角度详细分析：

一、从《劳动合同法》的强制性规定看

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条，除以下两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金：

1. 专项培训服务期约定：若用人单位为劳动者提供专项培训费用（如支付学费、差旅费等），并签订服务期协议（约定劳动者需服务满一定年限），劳动者违反服务期约定的，需按未履行部分分摊的培训费用支付违约金。
   例如：公司支付你2万元培训费，约定服务期3年，你工作1年后离职，则需支付违约金=2万×(²⁄₃)≈1.33万元。此时违约金与培训成本直接相关，且不得超过实际损失。

2. 竞业限制约定：若劳动合同中约定了竞业限制条款（如离职后2年内不得到竞争对手公司工作），且用人单位按月支付经济补偿，劳动者违反竞业限制的，需支付违约金。
   例如：公司每月支付你2000元竞业限制补偿，你违反约定到竞争对手公司工作，公司可要求你支付违约金（金额需合理，通常与补偿金额、违约情节相关）。

若你的劳动合同中既未涉及专项培训，也未约定竞业限制，仅因“未干满三年”要求支付3000元违约金，则该约定违反《劳动合同法》的强制性规定，属于无效条款，你无需支付。

二、从违约金金额的合理性看

即使属于上述两种合法情形，违约金金额也需符合“合理性”原则：

• 专项培训服务期：违约金不得超过用人单位提供的培训费用，且需按未履行服务期比例分摊。
  例如：公司仅支付你3000元培训费，约定服务期3年，你工作1年后离职，违约金最多为3000×(²⁄₃)=2000元，而非3000元。
• 竞业限制：违约金需与用人单位的实际损失、补偿金额、违约情节等匹配，不得过高。
  例如：公司仅支付你3个月竞业限制补偿（共6000元），却要求你支付3万元违约金，可能被法院调整为更低金额。

若你的劳动合同属于上述两种情形之一，但违约金金额明显高于实际损失（如公司未支付培训费却要求3000元违约金），则该金额可能被认定为不合理，法院或仲裁机构有权调整或不予支持。

三、从你的实际权利看

1. 若你已签字同意该条款：即使条款部分违法（如不属于法定情形），用人单位可能以“你自愿同意”为由主张权利。但根据《劳动合同法》第二十六条，违反法律强制性规定的条款无效，你仍可主张该违约金条款无效。
2. 若你未签字或被迫签字：若劳动合同是用人单位单方制定、未与你协商，或你因胁迫（如“不签字就不录用”）而签字，该条款可能因“显失公平”或“胁迫”被撤销。

四、给你的建议

1. 核对劳动合同内容：检查是否涉及专项培训或竞业限制条款，以及违约金金额的计算依据。
2. 收集证据：若用人单位未提供培训或未支付竞业限制补偿，保留相关证据（如培训记录、补偿转账记录等）。
3. 协商或仲裁：若用人单位要求支付违约金，可先协商；协商不成，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张违约金条款无效或调整金额。

总结：劳动合同中“干不满三年赔3000元”的约定，只有在涉及专项培训服务期或竞业限制，且金额合理的情况下才合法有效；否则属于无效条款，你无需支付。如有争议，建议及时咨询专业律师（如我）或申请劳动仲裁，维护自身权益。