劳动合同中关于员工不能按公司作息时间上班且工资不保底的约定，需结合法律规定与实际情况进行设计，核心要点如下：

1. 明确考勤制度与工资构成
   劳动合同中应详细约定公司的作息时间（如标准工时制、不定时工作制或综合计算工时制），并明确员工需遵守的考勤规则（如打卡、请假流程等）。同时，工资结构需拆分为“固定部分”与“浮动部分”，例如：

   • 固定部分：基本工资（不低于当地最低工资标准），与出勤天数挂钩；
     
   • 浮动部分：绩效工资、奖金等，与工作成果或考勤达标情况关联。
     法律依据：根据《工资支付暂行规定》，用人单位可依法制定工资分配制度，但需保证最低工资标准。若员工因缺勤导致固定部分工资减少，需符合合同约定且不违法。

2. 约定“不保底工资”的合法性边界

   • 合法情形：若员工因个人原因（如旷工、迟到早退）未提供劳动，公司可按实际出勤天数扣减固定工资，但需满足：
     
     • 合同明确约定“工资与出勤挂钩”；
       
     • 扣减后剩余工资不低于最低工资标准；
       
     • 考勤记录真实、员工签字确认。
       
   • 违法风险：若公司以“不保底”为由，在员工正常出勤但未完成绩效目标时扣减工资至低于最低标准，或未提供劳动条件导致员工无法出勤，则涉嫌违法。
     示例条款：“乙方（员工）月工资由基本工资（XXX元）和绩效工资（XXX元）组成。基本工资按实际出勤天数发放，绩效工资根据考核结果发放。若乙方月出勤不足XX天，基本工资按XX%发放，但最低不低于当地最低工资标准。”

3. 特殊工时制的合规处理

   • 若公司实行不定时工作制或综合计算工时制，需经劳动行政部门审批，并在合同中明确：
     
     • 工作制类型；
       
     • 工资计算方式（如按项目结算、按周期综合计算工时等）；
       
     • 加班工资支付规则（不定时工作制一般无加班费，但法定节假日工作需支付300%工资）。
       风险提示：未经审批实行特殊工时制，可能被认定为标准工时制，需支付加班费。

4. 员工缺勤的纪律处分条款
   合同可约定：若员工连续X天或累计X天缺勤，视为严重违反规章制度，公司有权解除合同且不支付经济补偿。但需同时满足：

   • 规章制度经民主程序制定并公示；
     
   • 员工知晓条款内容；
     
   • 解除程序合法（如通知工会、送达解除通知等）。
     

操作建议：

1. 避免使用“工资不保底”等模糊表述，改为明确工资计算规则；
   
2. 制定《考勤管理制度》作为合同附件，细化缺勤处理流程；
   
3. 定期与员工核对考勤记录，避免纠纷；
   
4. 若涉及特殊工时制，提前办理审批手续。
   

如有具体条款设计或纠纷处理需求，可进一步向我咨询。