养老院以检查卫生为由扣工资是否合法，需分情况讨论：
若养老院扣工资有合法依据且程序正当，则合法：
- 合法依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若养老院能证明员工因卫生检查不合格给其造成了经济损失，并且劳动合同中有相关约定，那么养老院可以按照约定扣除工资，但扣除比例需符合上述规定。
- 程序正当：养老院在扣除工资前，应与员工进行充分沟通，说明扣除工资的原因、依据和具体金额，并确保员工对扣除事项无异议或已通过合法程序解决争议。
若养老院扣工资无合法依据或程序不正当，则不合法：
- 无合法依据：如果养老院无法证明员工因卫生检查不合格给其造成了经济损失，或者劳动合同中没有相关约定，那么养老院无权扣除员工工资。
- 程序不正当：即使养老院有合法依据扣除工资，但如果扣除程序不正当，如未与员工沟通、未说明扣除原因和依据、扣除比例超过法定限制等，那么这种扣除行为也是不合法的。
法律建议：
- 对于员工：如果认为养老院扣除工资的行为不合法，可以先与养老院进行沟通协商，要求其说明扣除工资的原因、依据和具体金额，并要求其提供相关证据。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于养老院：在扣除员工工资前，应确保有合法依据且程序正当。建议养老院在劳动合同中明确约定因员工原因造成经济损失的赔偿方式和扣除工资的比例，并在扣除工资前与员工进行充分沟通，确保员工对扣除事项无异议。
可能法律后果：
- 如果养老院非法扣除员工工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。
- 员工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求养老院支付被扣除的工资及相应的经济补偿。
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