公司因为缺卡扣工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度明确规定了缺卡与扣工资的关联，且该制度合法有效：

   • 合法性前提：首先，公司的规章制度必须是通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并且已经向劳动者公示或告知。这是规章制度合法性的基础。
   • 扣工资合理性：其次，即使规章制度合法，扣工资也必须合理。一般来说，缺卡本身不应直接等同于旷工或迟到早退，除非公司能证明缺卡与实际未出勤或迟到早退有直接关联。如果公司仅因缺卡而无其他证据证明员工未出勤或迟到早退，就擅自扣工资，这种做法可能缺乏合理性。
   • 扣工资幅度：此外，即使可以扣工资，扣减的幅度也应合理，不能超过法定限额。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 若公司规章制度未规定缺卡与扣工资的关联，或规章制度不合法：

   • 规章制度不合法：如果公司的规章制度未通过民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。公司不能依据不合法的规章制度扣工资。
   • 无合法依据扣工资：即使公司认为缺卡是员工的问题，但如果没有合法的规章制度作为依据，或者规章制度中未明确规定缺卡可以扣工资，那么公司擅自扣工资就是违法的。

法律建议：

• 员工角度：如果你认为公司因缺卡扣工资的做法违法，可以先与公司协商解决。如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 公司角度：公司应确保规章制度的合法性和合理性，明确缺卡与扣工资的关联（如果有的话），并确保扣工资的幅度不超过法定限额。同时，公司应加强与员工的沟通，避免因缺卡等问题引发不必要的劳动纠纷。

可能后果：

• 如果公司因缺卡扣工资的做法被认定为违法，可能需要向员工支付被扣减的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 对于员工来说，如果因公司违法扣工资而申请劳动仲裁或提起诉讼，并胜诉的话，除了可以获得被扣减的工资外，还可能获得一定的经济补偿或赔偿。

总之，公司因为缺卡扣工资是否违法，取决于公司的规章制度是否合法有效以及扣工资的合理性和幅度。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。