员工不打卡扣工资是否违法，需根据具体情况判断，但多数情况下可能构成违法。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣减工资的情况
有合法有效的规章制度
- 制度制定程序合法：用人单位需通过职工代表大会或全体职工讨论等民主形式制定包含不打卡处理方式的规章制度，并向劳动者公示或告知。例如，公司《考勤管理办法》明确规定员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的一定比例，且该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。
- 扣减合理：即使有了合法有效的规章制度，扣减工资也应合理，不能导致劳动者工资低于当地最低工资标准，或扣除比例过高显得不合理。如可以扣减对应的绩效考核中关于考勤项目的部分绩效工资，而不应非法克扣基本工资。
员工存在过错且未及时补救
- 若员工因故意或重大过失未打卡，且未在合理期限内说明情况或补打考勤记录，用人单位可以依据规章制度进行扣减工资。但需注意，扣减的工资数额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
二、违法扣减工资的情况
无合法有效规章制度
- 若用人单位没有制定关于不打卡处理的规章制度，或虽有规定但未经过民主程序制定、未向劳动者公示告知，则扣减工资缺乏合法依据，属于违法行为。例如，公司未制定任何考勤制度，却以员工未打卡为由扣减工资。
扣减不合理
- 如因一次未打卡就扣除当月全部工资，导致劳动者收入远低于当地最低工资标准，这种做法显然违法。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
存在正当理由未打卡
- 员工因合理客观原因未打卡，如打卡设备故障、因公外出等，且已及时向公司报备并提供相关证明，用人单位不应扣减工资。例如，员工外出拜访客户期间因打卡设备故障未能打卡，并及时向公司提供了外出工作证明。
三、劳动者的维权途径
若劳动者因未打卡被扣发工资，可以通过以下方式维护自己的合法权益：
- 协商：首先与用人单位进行协商，要求其支付应得的工资。
- 向劳动监察部门举报：若协商无果，可向当地的劳动监察部门举报用人单位的违法行为，由其责令用人单位发放工资。
- 申请劳动仲裁：若问题仍未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服时，可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。
四、公司的合理做法
为避免因考勤问题引发劳动纠纷，公司应采取以下合理做法：
- 制定完善的考勤制度：明确打卡要求、未打卡的处理方式以及补救措施等，并通过民主程序制定和公示告知。
- 设置补打卡程序：允许员工在合理期限内说明情况并补打考勤记录，以体现管理的人性化和合理性。
- 依法依规处理考勤与工资支付问题：确保管理措施的合法性和合理性，避免侵害员工合法权益。
综上所述，员工不打卡扣工资是否违法需根据具体情况判断。公司在处理此类问题时，应确保规章制度的合法性和合理性；员工在遇到不公正待遇时，也应积极寻求法律援助，通过合法途径维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。