员工拒绝打卡扣工资属于违规行为。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 员工拒绝打卡与扣工资的关系

1. 员工打卡的性质：员工打卡通常是公司为了管理员工出勤、核算工资而采取的一种措施。它本身并不直接决定工资是否应该被扣除，而是作为员工出勤的一个记录。
2. 扣工资的合法性：根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得无故克扣。因此，仅仅因为员工拒绝打卡就扣工资，缺乏法律依据。

二. 相关法律法规的明确规定

1. 《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。
2. 《劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

三. 合理处理建议

1. 沟通解决：如果员工拒绝打卡，用人单位应该首先与员工进行沟通，了解拒绝打卡的原因，并尝试通过协商解决问题，而不是直接扣工资。
2. 制定规章制度：用人单位可以制定合理的考勤制度，并明确告知员工打卡的要求和后果。但是，扣工资作为后果必须符合法律规定，不能随意设定。
3. 法律途径：如果双方无法就打卡问题达成一致，用人单位可以通过法律途径解决，如申请劳动仲裁或提起诉讼，但前提是必须有合法的依据和证据。

综上所述，员工拒绝打卡并不能直接作为扣工资的理由。用人单位在处理此类问题时，应该遵循法律法规，合理沟通，并寻求合法的解决途径。我建议用人单位在制定考勤制度时，应明确打卡的要求和后果，并确保这些规定符合法律法规的规定。同时，员工也应该遵守公司的规章制度，按时打卡。如有进一步需要，您可以继续咨询我。