公司以未打卡为由扣工资是否合法，主要取决于公司的规章制度是否合法、合理，并且是否得到了员工的明确同意，同时扣款行为还需符合国家相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
公司有合法且完善的规章制度
- 如果公司制定了完善且合法的考勤制度，明确规定了未打卡的处理方式（包括扣工资），并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），且已向劳动者公示或告知，员工入职时已知悉并同意，那么在这种情况下，因员工未按规定打卡而扣减工资可能被视为合理。
- 示例：公司《考勤管理办法》规定员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的一定比例，该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。
员工存在未打卡且无正当理由的情况
- 考勤打卡是统计员工出勤的常见方式，如果员工无正当理由未打卡，且无法提供其他证明自己出勤的证据，导致用人单位无法准确了解出勤情况和工作时长，那么用人单位基于管理需要，按照既定规则扣减工资具有一定合理性。
- 示例：员工未打卡且未提前向公司报备或提供合理理由，公司按照规章制度扣减相应工资。
扣款在法律允许范围内
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 扣除的部分通常不能超过劳动者当月工资的合理比例（如20%以内，具体比例需根据地区法律法规和公司规定确定），以确保扣款行为的合法性。
不合法的情况
公司规章制度不合法或未公示
- 如果公司的考勤制度未经民主程序制定，或内容违反法律法规强制性规定，或者虽然制定了制度但未向劳动者公示或告知，那么公司以未打卡为由扣减工资可能构成违法行为。
- 示例：公司规定漏打卡一次就扣除当月全部工资，明显不合理且违法；或者公司未将考勤制度公示给员工，员工不知情的情况下被扣工资。
员工存在正当理由未打卡
- 如果员工因合理客观原因未打卡，如打卡设备故障、因公外出等，且已及时向公司报备并提供相关证明，那么公司不应以未打卡为由扣减工资。
- 示例：员工外出拜访客户期间因打卡设备故障未能打卡，并及时向公司提供了外出工作证明，公司不应扣减其工资。
劳动合同中无相关规定
- 如果劳动合同中未明确规定打卡与工资之间的关系，或公司未提前告知员工未打卡将扣工资，那么公司单方面以不打卡为由扣减工资可能构成违法行为。
建议与措施
- 公司层面：在制定和执行考勤制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分考虑员工权益和感受，遵循公平、公正的原则。对于因特殊原因无法按时打卡的员工，应给予合理的解释和补救措施，如允许补卡或提供其他证明出勤的方式。
- 员工层面：应了解自己的权利和义务，在入职时仔细阅读并理解公司规章制度和劳动合同条款。如遇不公正待遇，应及时与公司协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结来说，公司以未打卡为由扣工资是否合法，需根据具体情况判断。公司应确保规章制度的合法性和合理性，并遵循相关法律法规的规定；员工也应了解自己的权利义务，并在必要时采取相应措施维护自身权益。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。