公司发工资不打卡本身并不直接决定其合法性，关键在于公司是否有合法、合理的规章制度来支撑这一做法，并且这一制度是否得到了员工的明确同意，同时扣款行为需符合国家法律法规。以下是对此问题的详细分析：

合法且合理的情况

1. 规章制度合法且完善：

   • 如果公司制定了完善且合法的考勤及工资支付制度，明确规定了不打卡的处理方式（包括是否扣工资及扣款比例），并且该制度经过了民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），同时已向劳动者公示或告知，员工入职时已知悉并同意，那么在这种情况下，公司因员工未打卡而采取的工资支付方式（如扣减部分工资）可能被视为合法合理。
   • 示例：公司《考勤与工资支付管理办法》规定，员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的10%，该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。

2. 不打卡与工资支付无直接关联：

   • 如果公司的工资支付并不直接依赖于打卡记录，而是基于员工实际完成的工作任务或工作量来计算，那么不打卡本身并不会影响工资的支付。这种情况下，公司发工资不打卡是合法的。

不合法或不合理的情况

1. 规章制度不合法或未公示：

   • 如果公司的考勤及工资支付制度未经民主程序制定，或者内容违反了法律法规的强制性规定（如规定漏打卡一次就扣除当月全部工资），或者该制度未向劳动者公示或告知，那么公司因员工未打卡而扣减工资的行为可能构成违法。

2. 存在正当理由未打卡：

   • 如果员工因合理客观原因未打卡，如打卡设备故障、因公外出等，并且已及时向公司报备并提供相关证明，那么公司不得因此扣减员工的工资。

3. 劳动合同中无相关规定：

   • 如果劳动合同中未明确规定打卡与工资之间的关系，或者公司未提前告知员工未打卡将扣工资，那么公司单方面以不打卡为由扣减工资可能构成违法行为。

法律建议与措施

• 公司层面：

  • 在制定和执行考勤及工资支付制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分考虑员工权益和感受，遵循公平、公正的原则。
  • 对于因特殊原因无法按时打卡的员工，应给予合理的解释和补救措施，如允许补签打卡记录或提交相关证明材料。

• 员工层面：

  • 应了解自己的权利和义务，在入职时仔细阅读并理解公司规章制度和劳动合同条款。
  • 如遇公司因未打卡而扣减工资的不公正待遇，应及时与公司协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，公司发工资不打卡是否合法，取决于公司规章制度的合法性、合理性以及是否得到了员工的明确同意。在任何情况下，公司都不得无故克扣劳动者的工资，而劳动者也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。